Гром грянул 1 сентября 1854 года — союзники начали высадку десанта в Евпатории, а неделю спустя в сражении у г. Альмы армия, предводительствуемая Меншиковым, потерпела поражение.
9 сентября на военном совете, созванном Корниловым, решалась судьба флота. Предложение Корнилова выйти в море и сразиться с превосходящим неприятелем поддержали контр-адмиралы Вукотич и Истомин, капитан «Эльборуса» Асланбетов и некоторые другие офицеры. Однако большинство флагманов и командиров не поддержали предложение Корнилова. Было решено затопить часть судов у входа в бухту и преградить тем доступ туда неприятелю.
Вечером Истомина вызвал Корнилов:
— Владимир Иванович, князь назначил меня начальником обороны Северной стороны, прошу вас исполнять должность начальника штаба. Мы с вами мыслим по-единому. Сейчас прежде осмотрим местность и что успели прежде возвести инженеры генерала Павловского.
Укреплений, по сути, не было, едва обозначались лишь некоторые контуры будущих бастионов.
Корнилов не унывал:
— С Северной стороны нам ретирады нет: все, кто сюда попал, лягут навечно. Потому сегодня же готовьте указ, формируйте наши морские и десантные батальоны, не менее семи-восьми, на них вся надежда. Меншиков собирается сегодня-завтра увести все войска, бросить нас на произвол судьбы.
Истомин недоумевал.
— Что задумал князь?
Корнилов сердито пожал плечами:
— Отмалчивается, замыслы утаивает, мудрит непозволительно. Сегодня же отправляйтесь к градоначальнику. Надобно нам рабочих рук тысячу-другую, строить укрепления. Не позабудьте выслать дозоры по берегу и в сторону Качи. Нам всё надобно доподлинно знать о неприятеле. Располагайтесь со штабом здесь, в домике Павловского. Завтра с утра и я за работу, а сей же час наметьте, где расположить наши морские батальоны, установить батареи.
Спустя два дня на Северной стороне обозначилась линия обороны, появились брустверы, блиндажи, разместились пушки, снятые с кораблей, на позициях разместились 17 флотских батальонов, до 12 тысяч человек. Но неприятель решил атаковать Севастополь с юга. Потому и основные силы защитников были переброшены на Южную сторону.
Севастопольские укрепления Корнилов разделил на 4 дистанции: первая — генерал-майора Аслановичи, от 10 батарей у входа в бухту до пятого бастиона напротив Рудольфовой горы, вторая — вице-адмирала Новосильского, от пятого до третьего бастиона против Воронцовской высоты, третья — контр-адмирала Панфилова, третий бастион, четвёртая — контр-адмирала Истомина — на Малаховом кургане и прилегающих склонах.
Малахов курган являлся господствующей высотой, и его оборона имела ключевое значение...
С присущей ему редкой энергией принялся Истомин за создание и оборудование своеобразной крепости на Корабельной стороне. За несколько дней обозначились контуры двух бастионов, три редута и знаменитый впоследствии Камчатский люнет, или, как прозвали его защитники в шутку, «Камчатка». На эти высоты с кораблей переправили десятки орудий. Попробуй-ка сгрузить с судна и перетащить на гору орудийный ствол в добрую сотню пудов весом! Но моряки сладили.
Истомин с раннего утра до поздней ночи трудился над созданием укреплений, изыскивая силы и средства, продумывая новую организацию обороны. Многое подсказало ему посещение Малахова кургана Корниловым с Тотлебеном.
Тотлебен изложил Корнилову необходимость выдвинуть на правом фланге пятого бастиона люнет и определил число и калибр орудий. Корнилов здесь же что-то прикинул и распорядился Истомину:
— Посчитал я прислугу, необходимую при этих пушках, и по памяти знаю, что всё соответствует экипажу брига «Эней». Потому назначаю командиром сего люнета капитан-лейтенанта Ильинского и поручите ему без промедления команду «Энея» для устройства люнета и обслуги орудий.
С той поры все морские батальоны были переформированы по экипажам кораблей.