В конце 1938 года испанцы провели новую реорганизацию, на этот раз без учета замечаний советской стороны (тем более что к тому времени большинство советских специалистов по диверсионным действиям покинули Испанию) — разведывательно-диверсионные группы были переформированы в роты и приданы отдельным воинским соединениям по местам их дислокации на фронте. Это привело к распылению диверсионных сил и их использованию преимущественно для решения задач в прифронтовой полосе, а операции в глубоком тылу противника сначала отошли на второй план, а затем и вовсе прекратились. Кроме того, в это же время в высших эшелонах военного и политического руководства Испанской республики усилилось мнение против дальнейшего развертывания партизанской войны, так как ее успехи приводили к усилению репрессий против гражданского населения на удерживаемых армией Франко территориях. Поэтому максимально, что могло допустить испанское руководство, — непродолжительные рейды малых групп в прифронтовой полосе. Естественно, это не пошло на пользу республиканцам, чьи войска и без того отступали на всех фронтах.
Части бывшего 14-го корпуса продолжали партизанские действия и после падения республики, а затем основные силы перешли во Францию, где были интернированы. Другие во главе с Унгрия уплыли сначала в Алжир и в конце концов оказались в СССР.
Опыт войны в Испании показал высокую эффективность диверсионных подразделений типа «сапёрно-маскировочный взвод». Десятки взорванных мостов, складов боеприпасов и горючего, более 30 железнодорожных эшелонов с техникой и снаряжением, несколько аэродромов с десятками самолетов на каждом из них, сотни километров выведенных из строя железных дорог, множество захваченных документов — вот далеко не полный итог действий сапёров-маскировщиков на испанской земле. Таким образом, проверка практикой подтвердила необходимость для современной войны специальных подразделений для осуществления диверсионно-разведывательных операций в тылу противника»35
.Причиной принятия решения об уничтожении разведывательно-диверсионных подразделений РККА явилось то, что возобладала глубоко ошибочная точка зрения ряда руководящих работников Наркомата обороны, и в частности К.Е. Ворошилова. Они считали, что, если войну развяжет агрессор, Красная Армия будет вести боевые действия на территории противника. А, кроме того, использование больших масс авиации, танковых и механизированных войск не позволит развернуть массовое партизанское движение и активные действия диверсионноразведывательных групп в тылу противника.
В РУ штаба РККА были первоначально организованы курсы-сборы, на которых было подготовлено всего 8 офицеров специальной разведки, но и эти курсы вскоре закрылись.
В 1937—1938 годах работа по совершенствованию специальной разведки была не только прекращена, но и ликвидированы те начинания, которые были проведены в 1934—1935 годах. «Сапёрно-маскировочные взводы» были расформированы, а «опорные точки» — ликвидированы.
Эта непродуманная мера серьезно затормозила развитие советских разведывательно-диверсионных частей.
Сторонники развёртывания партизанского движения на своей территории были признаны пораженцами, не верящими в могущество Красной Армии, и объявлены заговорщиками, вражескими шпионами и «врагами народа».
В начале лета 1937 года Я.К. Берзин вернулся в Москву. «За выполнение правительственного задания он был награжден орденом Ленина. Вскоре после прибытия его вновь назначили начальником Разведывательного управления РККА, а вскоре присвоили звание армейского комиссара 2-го ранга.
Он возобновил свою активную работу по организации деятельности советской военной разведки. В Германии Гитлер проявлял все большую активность, высказав на одном из осенних совещаний рейхсканцелярии свою готовность в ближайшем будущем расправиться с Чехословакией и бросить вызов ведущим странам Европы.
Требовались ответные меры в рамках разведывательной службы РККА. «Старик» начал планировать конкретные мероприятия, но воплотиться задуманному было не суждено.
29 июля 1938 года Яна Карловича Берзина не стало»36
.Армейский комиссар Я.К. Берзин был арестован 28.11.1937. Расстрелян 29.07.1938.
В Москву Салнынь вернулся в начале 1938 года, в самый разгар «чистки», развернувшийся в Разведупре. За то время, что он воевал в Испании, были арестованы по надуманным обвинениям многие его соратники и друзья: Лев Борович, Софья Залесская, Александр Никонов, Константин Звонарев, Александр Гурвич, Карл Римм, Владимир Горев и другие. Не избежал этой участи и сам Салнынь. Его арестовали 21 апреля 1938 года по обвинению в шпионаже и участии в заговоре против Советской власти.
Следствие по делу Х.И. Салныня продолжалось больше года, а 8 мая 1939 года он был приговорен к расстрелу. Приговор был приведен в исполнение в тот же день.