Не обошли Гражданку стороной и времена сталинского беззакония и произвола. С начала 1930-х гг. прошлась по Гражданке и соседним Ручьям коллективизация. «Черными воронками» запомнился жителям зловещий 1937 год. Жертвами сталинских репрессий стали жители Гражданки всех национальностей. Сгинули в сталинских лагерях и многие из священнослужителей лютеранской кирхи Гражданки.
Страшным испытанием стала Великая Отечественная война. Жители Гражданки в полной мере разделили все страшные тяготы ленинградской блокады – бомбежки, обстрелы, страшную первую блокадную голодную зиму.
Во время войны на Гражданке разместилось несколько важных для обороны Ленинграда военных объектов. С осени 1941 г. появился военный аэродром. Дело в том, что после начала блокады авиация Балтийского флота оказалась лишенной большинства своих аэродромов, поэтому срочно требовались новые площадки, пригодные для посадки боевых самолетов. Одну из таких площадок подготовили на месте опытного поля совхоза «Ручьи». Во время блокады она стала главной авиабазой Балтийской ударной авиации. Отсюда взлетали самолеты, защищавшие небо над Дорогой жизни.
По воспоминаниям старожила деревни Ручьи Валентина Андреевича Трофимова, «три взлетно-посадочные полосы аэродрома „Гражданка“ проходили вдоль лесопарковой границы и нынешней улицы Бутлерова. Были построены ангары для самолетов, располагавшиеся в шахматном порядке вдоль нынешнего Северного проспекта. На склонах южного берега ручья были вырыты окопы и построены дзоты, которые использовались как мастерские для мелкого ремонта самолетов. Других строений на аэродроме не было. Серьезные ремонты самолетов производились в ремонтной мастерской на территории номерного завода у нынешней площади Мужества».
Во время войны погибших летчиков-балтийцев, вылетавших на боевые задания с аэродрома «Гражданка», хоронили на кладбище в соседнем поселке Мурино. Однако поиск имен погибших летчиков, защищавших Ленинград, начался только в 1960 – 1970-х гг. В 1971 г. здесь воздвигли первый обелиск с именами погибших. С годами число обелисков с найденными именами увеличивалось. В 1981 г. разрозненные обелиски объединили в единый мемориал.
В школе № 111 на Дороге в Гражданку, 7, осенью 1941 г. разместился 3-й отдельный учебный танковый батальон. Он входил в состав 12-го учебного танкового полка, сформированного 29 июня 1941 г. Полк выполнял задачи ускоренной подготовки танкистов для восполнения боевых потерь в танковых частях. За годы войны полк подготовил более 22 тысяч танкистов, сформировал 13 маршевых батальонов, 2 танковых полка и одну танковую бригаду. В танковой школе на Гражданке нашли приют несколько осиротевших ребят, которые стали «сынами полка».
На первом и втором этажах школы размещались учебные классы танковой школы, на третьем этаже жили танкисты, а на четвертом поместили госпиталь для легкораненых воинов Ленинградского фронта. После выздоровления они становились курсантами танкового батальона. Кроме того, в самые тяжелые месяцы блокады в этот госпиталь поступали люди, больные дистрофией, ослабевшие от голода.
Важную роль на Гражданке в годы блокады играла Троицкая церковь на углу Большой Спасской улицы (пр. Непокоренных) и Дороги в Гражданку (Гражданский пр.). С середины 1930-х гг. она являлась практически единственным действующим храмом на севере Ленинграда – все остальные были закрыты. Действовала она и во время войны (и даже стала инициатором сбора средств на танковую колонну), так что ее по праву можно было бы считать настоящей блокадной реликвией. Церковь снесли в 1966 г. в связи с расширением проспекта Непокоренных – так с 1964 г. именовалась Большая Спасская улица…
Немецкие жители Гражданки во время войны разделили судьбы репрессированных в сталинское время народов. Сразу же после начала Великой Отечественной войны «советские немцы» оказались меж двух огней. Власть рассматривала их как пресловутую «пятую колонну» и делала все, чтобы ликвидировать остатки национальных автономий и выселить немцев подальше от фронта: в Сибирь, Казахстан, на Урал.
Принудительное выселение немецкого населения в Гражданке началось в августе 1941 г. Тех немцев, кого не успели депортировать до начала блокады, выслали в ходе специальной операции войск НКВД в марте 1942 г. Местами расселения немцев Гражданки, оказавшихся на положении «спецпереселенцев», стали главным образом Сургут и Красноярск.
Старожилы тех мест и сегодня могут рассказать о трудолюбивых, выносливых и педантично аккуратных ленинградских немцах, оказавшихся в этих краях. После войны выселение немцев объявили вечным, возвращаться им запретили. Лишь немногим удалось вернуться после начала хрущевской «оттепели». Многие гражданские немцы остались жить в Сибири, обзавелись там семьями. В Сургуте и Красноярске и сегодня живут потомки колонистов с Гражданки.