Впрочем этот манифест, как свидетельствуют неоспоримые исторические факты, был обнародован, но не приведен в исполнение. Множество русских князей и бояр, занимавших важные места на поприще государственного управления, и большая часть собственно-литовской аристократ, принявшая православную виру, защищали ее усердно и деятельно. Знаменитый Витовт, принявший в руки свои власть в Литве, при жизни Ягайлы, являлся более покровителем нежели противником православия. Свидригайло, явно благоприятствовал Руси и восточному вероисповеданию. В царствование потомков Ягайлы, хотя и обнаруживались следы нетерпимости и пристрастия к католичеству, но открытаго преследования не было, а пример великого князя, Александра, вступившего в брак с дочерью Иоанна III, которая осталась верною своему исповеданию до самой смерти, свидетельствует явно, как мало заботились о исполнении манифеста Ягайлы. Решительный перевес латинства и явное преследование православия начались с восшествием на престол Сигизмунда III и усилились со времени введения Унии.
По водворении католицизма в Литве, тотчас возникли споры и несогласия между двумя исповеданиями. Западные католики основывали преимущество свое на том, что исповедание их провозглашено господствующим, а восточные, что еще прежде 1387 года большая половина Вильна исповедовала христианскую веру по обрядам греческой церкви и имела своих мучеников Ольгердовых времен.
Ягайло дал городу Вильну, по образцу главнейших польских городов немецкое городовое право, вообще называемое Магдебургским. По этому праву выбираем был горожанами, из среды их, бургомистр и члены войтовских судов, которые судили исключительно одних виленских жителей. Поселившиеся на земле, принадлежавшей замку, капитулу, костелам, епископу, не пользовались магдебургским правом. Наконец на мещан возложена обязанность защищать оба виленские замка. Ягайло поместил в обоих замках польские гарнизоны и оставил наместником Литвы Скиргайлу.
Управление этого князя не представляло ничего благоприятного для Литвы. Сидя в Троках, он не обращал внимания на Вильно, не занимался распространением христианской веры, не поддерживал промышленности ни торговли, впрочем тайно благоприятствовал русским и их вероисповеданию. Но предаваясь часто пьянству употреблял во зло власть свою и по неосновательным подозрениям и доносам осуждал на смерть приближенных и друзей своих. Ягайло, не доверяя ему и опасаясь ссоры его с Витовтом, отправил для охранения виленских замков польский гарнизон под начальством Москоржевскаго.
С этого то времени Витовт составил предначертание овладеть Вильном и вступил в новую борьбу с Ягайлою. После разных неудачных предначертаний, он обратился к крестоносцам, которые рады были каждому случаю, доставлявшему им возможность грабить и опустошать Литву. Собрав огромную армию я соединясь с ливонскими рыцарями, крестоносцы взяли Ковно и сожгли Троки и приблизились к Вильну. Скиргайло, хотевший остановить их успехи, разбит был в кровопролитном сражении за Верками. Наконец Вильно было осаждено. Все народонаселение его скрылось в кривой город или нижний замок, в котором начальствовал Казимир Коригайло. Не смотря на отчаянное сопротивление, замок взят. Около 14,000 жителей и с ними Коригайло погибли от неприятельского меча. Витовт и крестоносцы приступили к верхнему замку. Москоржевский, отражая все их усилия, держался несколько недель. Недостаток в съестных припасах в стане крестоносцев и весть о приближении Ягайлы с польским войском, заставили осаждающих удалиться. Витовт отступил в Самогицию. Ягайло по прибытии в Вильно сменил неспособнаго Скиргайлу, дав ему в управление Киев, а начальство над замками поручил Яну Олесницкому. Москоржевский возвратился в Польшу.
Витовт не думал отказаться от своего намерения и на следующий год снова явился под стенами Вильна, соединясь с крестоносцами, коими начальствовал Конрад Валленроде. Олесницкий для удобнейшей защиты замков, сжег в городе и те строения, кои уцелели от разорения во время последнего нападения. Крестоносцы расположились огромным станом между францисканским монастырем и кривым городом. Удачная вылазка Олесницкаго, в которой он истребил великое множество крестоносцев, и приближение Скиргайлы с новыми силами, заставили Валенрода возвратиться в Пруссию. В Вильне не осталось ничего, кроме пепла и развалин, посреди которых возвышались почерневшие от дыму два замка.