Германские подводные лодки практически блокировали Новороссийский порт. Были проведены небольшие демонстративные высадки десанта на Тамань и даже в Геленджик.
Флагман Черноморского флота линкор «Свободная Россия» (бывший «Императрица Екатерина Великая»)
После получения секретной телеграммы правительства на флоте начался разброд. Часть моряков призывала вернуться в Севастополь, часть – выйти в море и до конца вести войну. Председатель Кубано-Черноморской республики А.И. Рубин пригрозил, что, если флот будет затоплен, Красная армия и казаки уничтожат всех моряков. На причалах шли бесконечные митинги, команды отказывались подчиняться офицерам. Очень немногие корабли оставались боеспособными. Большинство их оказались просто брошенными экипажами. Часть кораблей во главе с линкором «Воля» все-таки ушли в Севастополь, где команды были немцами интернированы, корабли разоружены. А на что, интересно, рассчитывало командование этих кораблей? Что немцы встретят их с хлебом-солью? Когда «Воля» выходила из Новороссийска, на мачте «Керчи» был поднят флажный сигнал: «
На переднем плане – кормовые орудия э/м «Керчь», на заднем плане – уходящий в Севастополь линкор «Воля» (бывший «Император Александр III»)
18 июня началось затопление флота. Руководил им командир «Керчи» В.А. Кукель и председатель судового комитета Кулинич. На помощь «Керчи» пришел миноносец «Лейтенант Шестаков». На рассвете 18 июня миноносец начал выводить на буксире корабли к месту затопления. Они шли из гавани на рейд, держа на мачтах сигнал: "Погибаю, но не сдаюсь".
Из воспоминаний В.А. Кукеля (Краевского): «Гавань вымерла, пусто, и только медленно идущие на буксире миноносцы, беспомощные, без признаков жизни на них, с отдельными мрачными фигурами в количестве 5-6 человек на палубе, как зачумленные и обреченные на смерть, с которых все живое сбежало и от которых все сторонятся. К 4 часам все военные корабли, стоявшие прежде в гавани, сосредоточились на рейде Цемесской бухты. "Керчь" подошла к "Фидониси" и с расстояния 4 кабельтовых выпустила в него торпеду. От взрыва миноносец буквально разорвался пополам, его корма и нос приподнялись и, перевернувшись на правый борт, затонули. Гибель "Фидониси" послужила сигналом к затоплению других кораблей. Специальные команды закладывали подрывные патроны в машинные отделения, открывали кингстоны и клинкеты, отдраивали иллюминаторы.
Один за другим шли на дно Цемесской бухты славные черноморские "новики": "Гаджибей", "Калиакрия", "Пронзительный". Через 25 минут рейд был мертвенно пустым.
После взрыва на эсминце "Фидониси" "Керчь" подошла к линкору "Свободная Россия". С 5 кабельтовых эсминец дал залп из двух торпед: одна взорвалась под кораблем, вторая прошла мимо. Корабль остался на плаву, лишь столб черного дыма поднялся над боевой рубкой. Через полчаса была выпущена третья торпеда, и, хотя она взорвалась в кормовой части линкора, корабль не получил значительных повреждений, крен и дифферент отсутствовали. Четвертая торпеда взорвалась в районе кормовой 12-дюймовой башни, но корабль по-прежнему держался на поверхности воды. Следующая торпеда, выпущенная в середину корпуса линкора, внезапно повернула на обратный курс. Только шестая торпеда "Керчи" завершила дело. "Эффект от взрыва был потрясающий. Столб бело-черного дыма поднялся выше мачт и закрыл своим основанием почти весь корабль… Когда дым несколько рассеялся, представилась удручающая картина: броня и бортовая обшивка, как правого, так и левого борта отвалилась, и в этой части корабля появилась огромная просвечивающая насквозь брешь. Через 2 минуты после взрыва линкор с дифферентом на нос. Спустя ещё 3 минуты корабль перевернулся вверх килем. Все это сопровождалось страшным лязгом и грохотом срывающихся со своих оснований огромных трехорудийных 12-дюймовых башен, которые скатывались по наклонной палубе «Свободной России», сметая все на своём пути, пока, наконец не обрушились в воду, подняв огромные столбы воды и фонтаны брызг»
После этого В.А. Кукель перевел машинный телеграф на "самый полный", и "Керчь" взяла курс на Туапсе. Около 10 часов вечера, при подходе к Кодошскому маяку, радист "Керчи" послал в эфир радиограмму: "
Теперь экипажу предстояло выполнить тяжелейшую задачу – затопить свой корабль.