Штурмовая группа фудутуна Хайсэ обратилась в бегство, увлекая за собой и остальное войско. В суматохе маньчжуры бросили обоз со снаряжением и продовольствием, а также немалое количество оружия. Как докладывал потом Хабаров, его отряд потерял 10 человек убитыми, а 76 получили ранения. Вражеские потери Ерофей Павлович оценил в 676 человек. А добычей экспедиции стали 830 лошадей, обоз с хлебом, 2 пушки, 17 пищалей и 8 знамён.
Русским немало помогло то обстоятельство, что более половины маньчжурского войска составляли дауры, тунгусы и другие жители Приамурья, которых полководцы богдыхана захватили в плен и насильно обратили в солдаты. Эти подневольные люди не желали воевать и при первой же возможности разбежались. За провальный поход фудутуна Хайсэ наказали, а непосредственно командовавший войсками Сифу был отстранён от своей должности и получил 100 ударов плетьми.
Люди Хабарова похоронили своих павших товарищей возле Ачанского городка, починили стены и продолжили собирать ясак. После победы над маньчжурами это стало проще, так как сильных всегда уважают. А когда Амур освободился ото льда, участники похода починили свои дощаники и пустились 22 апреля 1652 года вверх по течению, в земли дючеров. В прошлом году Ерофей Павлович не останавливался в них, торопясь найти место для зимовки. А теперь намеревался собрать с дючеров ясак.
В том месте, где река Сунгари впадает в Амур, русских поджидало новое войско маньчжуров, ещё большее по численности (6 тысяч человек). И только чудо спасло людей Хабарова от новой кровавой битвы, победить в который было бы крайне сложно. Ни русские, ни маньчжурские дозорные не заметили вражеского войска, а дощаники прошли это место под парусами при хорошем попутном ветре.
В июне Ерофея Павловича нагнал отряд Терентия Чечигина. Получив подкрепление и пополнив запасы пороха и свинца, участники похода собирали ясак с дючеров, потом с дауров. В конце июля 1652 года Хабаров и его люди остановились во владениях князька Кокурея, сына Турончи в устье реки Зеи. Ерофей Павлович хотел построить там острог и зазимовать в нём. Но более сотни человек из отряда выступили против этого. 1 августа они захватили три дощаника с казной и запасами и пустились вниз по Амуру. Попытки догнать их на лодках и убедить вернуться успеха не имели.
В этих обстоятельствах оставаться на зимовку в устье Зеи было опасно. Хабаров составил докладную записку Францбекову и отправил её в Якутский острог с надёжными людьми. Помимо всего прочего, он попросил военной помощи от Сибирского приказа. Затем распустил среди дауров слух, что вот-вот на Амур придёт огромное войско из Москвы. Это известие дошло до маньчжуров и заставило их отвести свой отряд от устья Сунгари вглубь страны, чтобы избежать нежелательной войны. После проигранного сражения у Ачанского городка они побаивались русских.
Собрав оставшихся людей, Хабаров 9 августа вышел из устья Зеи и направился вниз по течению Амура. 30 августа 1652 года он обнаружил острог, построенный беглецами из его отряда. По приказу Ерофея Павловича рядом был сооружён второй городок, в котором установили пушки. По беглецам дали залп, но это их не напугало. И тогда Хабаров собрал своих людей с оружием рядом с острогом и скомандовал начать штурм. Этого оказалось достаточно, чтобы беглецы сдались.
Ерофей Павлович учинил суд и приговорил 12 человек к наказанию палками. По некоторым данным их "
В этом самом городке и зазимовали. До весны 1653 года люди Хабарова добывали пушнину, ловили рыбу для собственного пропитания и собирали ясак с гиляков.
Тем временем в Сибирском приказе шло расследование действий воеводы Францбекова и всех его людей. Начало этому процессу положил донос, поступивший 18 февраля 1652 года от дьяка Петра Григорьевича Стеншина. У Стеншина с Францбековым были давние счёты, начавшиеся ещё на прежней службе. Став ленским воеводой, Францбеков припомнил своему неприятелю былое и учинил тщательную проверку всех дел. Разумеется, вскрылись многочисленные нарушения, за которые Стеншина посадили в тюрьму, конфисковав всё его имущество.
Пётр Григорьевич этого не забыл и тщательно собирал компромат на Францбекова. Поскольку в его доносе было очень много конкретных фактов, Сибирский приказ не мог оставить такое без рассмотрения. И в феврале 1652 года в Якутский острог отправили государственного сыщика стольника Ивана Павловича Акинфова.
Прибыв на место, сыщик обнаружил, что казна воеводства пуста, зато в доме Францбекова при обыске нашлось денег, соболей, имущества и кабальных расписок на сумму 12 742 рублей. При этом самым главным должником воеводы оказался Хабаров: он задолжал 7 000 рублей.