Таким образом, Замойский Собор оправдал все те ожидания, которые возлагали на него Рим, латинское духовенство и польское правительство. Он безусловно подчинил Униатскую Церковь власти Рима; принял от лица всей Униатской Церкви учение Римской Церкви с обязательством распространять и утверждать таковое и немедленно применил его к обрядам и дисциплине Униатской Церкви — словом, довел унию до такого состояния, при котором переход из унии в латинство становился нечувствительным и которое предвещало, по-видимому, в недалеком будущем полное слияние унии с латинством. Сторонники латинства в среде униатов, в особенности базилиане, радовались этому, но униаты — ревнители православия в Униатской Церкви, — в особенности униатское белое духовенство, ничего от этого Собора не выигравшее, были далеко не в радостном настроении. Такая постановка дела на Замойском Соборе повела Униатскую Церковь к самым безотрадным для нее последствиям. Тотчас же после окончания Замойского Собора представители униатского духовенства принялись за извращение униатского богослужения в духе постановлений этого Собора и за исправление униатских богослужебных книг, в которые рабски вносились латинские новшества. Сначала этими изменениями горячо занялся митрополит Лев Кишка, а потом его преемник Афанасий Шептицкий, но особенную ревность в этом деле обнаружили базилиане. Последние по своему усердию стали вводить в Униатской Церкви многое такое в духе Церкви Латинской, о чем Замойский Собор не упоминал. В униатских храмах стали появляться открытые алтари, конфессионалы (исповедальни), органы, боковые престолы и т.п.
Совращение униатов в латинство
Много приходилось претерпеть гонений от униатов православным за веру, но наступило время, когда и униатам пришлось испытать те же ужасы преследования от латинян. Одновременно с латинизацей богослужения Униатской Церкви шло и усиленное совращение униатов в латинство. Этому делу с особым усердием помогала шляхта и латинское духовенство. Буйные и ничем не сдерживаемые шляхтичи, привыкшие безнаказанно обижать православных, перенесли свое буйство на униатов. Они повели натиск на униатов горячо, не стесняясь в средствах, с обычным своеволием и грубостью; стали совершать наезды на униатские церкви и монастыри, причинять униатским священникам без всяких поводов побои; требовать с них барщину, захватывать и отчуждать церковные и монастырские земли. Помещики стали вмешиваться в церковные дела, разверстывать по своей прихоти униатские приходы; не допускать строить храмы и праздновать храмовые праздники; налагать на священников запрещение исполнять требы и прочее. Вместе с этим шляхта на каждом шагу старается унизить униатов, дать им почувствовать, что уния не более как вера людей невежественных, что она, как и православие, «chlopska wiara», и потому можно с ее последователями разделываться столь же своевольно и бесконтрольно, как и со своими подданными «хлопами». Неудивительно, что после этого униатским священникам приходилось выслушивать от шляхты такие угрозы: «Я здесь (в приходе) епископ и владыка, как совершу над тобой освящение, то с места не встанешь».