Хотя, по существу дела, беспорядки эти касались самой Униатской Церкви и распоряжений ее епархиальной власти и не имели прямого отношения к делу воссоединения, а русское правительство обязано было принять меры к их прекращению, однако местная латинская партия, заинтересованная в поддержке беспорядков в униатском Подлясье, воспользовалась означенными событиями к дальнейшему разжиганию народных страстей. Партия эта стала распространять в народе слухи, что правительство задумало совершенно уничтожить унию в пределах империи и насильно заставить холмских униатов воссоединиться с Православной Церковью. Эта же мысль польскими агентами в Риме была внушена и Ватикану. Папа Пий IX под влиянием этих внушений издал 11 мая 1874 г. энциклику, которую послал Галицкому униатскому митрополиту Сембратовичу и всем униатским епископам Галиции. В энциклике Пий IX извещал униатское духовенство, что он крайне огорчен тем, что какие-то новаторы между униатами намерены отменить обряды, утвержденные апостольским престолом, и что в Холмской епархии «какой-то ложный церковный правитель (намек на прот. Попеля), уже давно признанный нами недостойным церковного сана, осмелился присвоить себе церковную власть, все перевернуть в епархии и, что всего важнее, изменить своевольно литургию; отважился под предлогом очищения обряда умышленно ввести схизматическую литургию, ссылаясь в своем епархиальном послании на распоряжения апостольского престола. Все, что это послание предписывает относительно обрядов, мы объявляем не имеющим силы и действия, а паче всего отказываем сему ложному правителю во всякой церковной власти, которой ему не вверял ни отошедший епископ (уволенный на покой епископ Михаил Куземский), ни апостольский престол, и объявляем, что он не вошел в овчарню вратами, но вторгся иным путем».
Папская энциклика, направленная к тому, чтобы отклонить холмских униатов от предпринятого ими решения очистить униатский обряд от латинства и приблизить его к православному, произвела на них обратное действие. Она раскрыла им глаза, как далеко уже зашел папа Пий IX в своем стремлении не только латинизировать Униатскую Церковь, но и окончательно слить ее с Латинской. В то время как его предшественники разрешали и даже охраняли восточный обряд в Униатской Церкви, Пий IX открыто заявил свое одобрение всем искажениям, введенным латинизаторами в этот обряд. В своей энциклике он даже не постеснялся называть «схизматическими» литургии, составленные великими отцами и учителями Церкви и принятые Униатской Церковью.
Энциклика Пия IX была разглашена между униатским духовенством и народом Холмской епархии и не только привела их в смущение, но и побудила окончательно решить вопрос, куда им направиться: к православию или к латинству? Эта энциклика привела также в удивление католиков, и по поводу ее в некоторой части серьезной католической печати было замечено, что «она гонит русских униатов к переходу в православие и не оставляет им иного выбора». Народ распознал, какая опасность грозит вере их отцов от посягательств на нее Римского престола. В конце 1874 г. некоторые униатские приходы Седлецкой губернии, именно той губернии, в которой пред тем шла усиленная борьба между самими униатами за сохранение в Униатской Церкви православного обряда, стали составлять приговоры о воссоединении. Русское правительство, обследовав эти приговоры и ту обстановку, при которой они составлялись, и убедившись, что составлялись они добровольно, в силу искреннего желания униатов разорвать всякую связь с Римом, доложило об этом императору Александру II, и государь Высочайше повелел исполнить их пожелание. Вместе с тем Святейший Синод преподал Варшавскому архиепископу Иоанникию свое благословение на воссоединение с православием духовенства и мирян Холмской униатской епархии.