Универсал короля был получен в Вильне 24 марта и тотчас был опубликован. Этого было достаточно, чтобы у врагов православия развязались руки, и на православных обрушились неистовые гонения. Уже с понедельника Страстной седмицы в Вильне стали захватывать состоятельных купцов и других представителей православных горожан, уводить их в ратушу, сажать в подземельную тюрьму под ратушей и предавать истязаниям. И Страстная, и Светлая седмицы проведены были православными в Вильне в великом горе, в общих воплях и слезах.
Арестованные просили позволения сходить в храм Божий исповедаться и причаститься, предлагали вместо себя в заложники жен и детей, но в этом им было отказано. А на Свято-Духов монастырь в эти дни производились открытые нападения. Вот как описывают это тяжелое время православные виленцы: «На наш Всесвятого, Животворящего, Всезиждительного Бога Духа храм бросают камни из пращей; на домы и церковь пускают из луков стрелы даже с горючими веществами, кидают зажженные головни... В Вильне, как и других городах, запрещают в ратушах принимать от нас протесты и делать необходимые для нас справки; приказным запрещают служить по нашим делам, в противном случае их наказывают и сажают в тюрьму. По дорогам у гонцов отнимают письма, а другие пишут от нашего имени, и эти-то выдуманные письма, наполненные ложью, клеветами, или рассылают для обмана незнающих людей, или подбрасывают на многолюдных местах». Запрещали даже торговать и говорить с православными.
«Столь сильный открылся вдруг пожар, — взывало об этом горьком времени само Виленское братство, — такой бурный зашумел вихрь, такая страшная засвирепствовала буря в Вильне, как будто перед днем Страшного Суда Господня. Отцов разлучали с детьми, жен с мужьями, везде по домам, на улицах, на рынке только слышно было: "Изменники! Изменники! Русь нечестивая!". Преследования православных до крайности были жестоки и невыносимы. «Вы, как огонь всепожирающий, накинулись на нас, — говорили православные латинянам, — вы перевернули нам всю душу и переполнили ее горечью. Мы думали, что уже наступает последний день мира и Страшный Суд».
Такими же плачевными последствиями сопровождался для православных королевский универсал и в других местах, кроме Вильны. Ввиду этого митрополит Иов вместе со всеми своими епископами подал 15 мая протест на митрополита и епископов униатских за то, что они возмущают народ против православных владык и преследуют православных. В протесте этом, после перечисления тех притеснений, которые испытал народ в Вильне, говорилось: «В Могилеве, Минске, Орше (у православных) отобраны церкви; в Перемышле умерщвлены в тюрьме 24 человека мещан; в Ярославле, Кременце, Гродне, Пинске отняты церкви; в Бресте Дорофея с братьями бросили в колодец; в Красноставе ворвались в каменную церковь и многих в церкви убили, то же сделали в Соколе, Вельске, Буске, и взрослых без покаяния предавали смерти, а детей без крещения».
Несколько лучше было положение православных в Малороссии, где православие находилось под защитой казацкой силы, в которой на ту пору нуждалось польское правительство. Под охраной казаков митрополит Иов свободно управлял своей Церковью и даже в конце 1621 г. созвал Собор, на котором рассматривался вопрос, как сохранять и распространять в западно-русском народе веру и догматы Восточной Церкви и что делать, чтобы впредь у этого народа православные митрополиты и епископы не прекращались. Он же 15декабря того же 1621 г. обратился с окружной грамотой и ко всей своей духовной пастве, в которой увещевал увлекшихся унией покаяться и возвратиться в лоно Матери-Церкви, а православным советовал в важнейших своих нуждах прибегать «до богоспасаемого места Киева — второго, русского, Иерусалима», т.е. к своему «властному святителю» митрополиту. Но вообще положение прочих западно-русских иерархов, поставленных Патриархом Феофаном, было неопределенное, и вопрос о правах их на свободное управление занимаемыми ими епархиями, так сказать, висел в воздухе. Сами же они вынуждены были скрываться за стенами монастырей, в которых обитали.