В Малороссии после смерти Хмельницкого (1657) обнаружилась рознь между партиями, и в деле окончательного объединения ее с Москвой стали проявляться нестроения и неудачи. Казачество не нашло в России той воли, к какой привыкло, и мало-помалу охладевало к Москве, главным образом из-за необузданности и хищничества московских бояр. В особенности тяготились зависимостью от Москвы представители казацкой старшины (гетман, его штат, полковники и сотники). Воспользовавшись этим, гетман Выговский отложился от Москвы и заключил с Польшей Гадячский договор (1658), по которому Польша соглашалась вполне восстановить западно-русское православие, поставив его наряду с латинством, и истребить унию во всем государстве. Все это торжественно было подтверждено сеймом 1659 г., но ненадолго; вскоре латинская партия снова взяла перевес. Главным руководителем ее был униатский митрополит Гавриил Коленда. Гетман Выговский призвал на помощь татар и при их содействии нанес московским войскам тяжелое поражение при Конотопе. Между тем простые казаки и крестьяне тянулись к Москве; во множестве бежали они с правого берега Днепра, Волыни и Киевщины на левый берег, в Украину Московскую. Внутренние споры в Малороссии привели ее к разделению. Полки, находившиеся на левом берегу Днепра, избрали гетманом запорожца Брюховецкого и остались за Москвой; вся же правобережная Украина, кроме Киева, отошла опять к Польше со своим гетманом. После этого распада Малороссии война с Польшей не дала успеха ни той, ни другой стороне. Наконец оба государства помирились на установившемся положении (status quo), и по Андрусовскому договору (1667) за Москвой остался Смоленск, Северская земля и левобережная Украина, а также Киев (на два года). После Андрусовского договора агитация латино-униатов против восстановления в Польше западно-русского православия все более и более усиливалась. Ян Казимир сделал несколько уступок общему течению и, наконец, благодаря составленным против него нескольким конфедерациям, отказался от престола. На его место в 1669 г. был избран Михаил Вишневецкий, ближайший друг Коленды. При нем в польское законодательство было внесено следующее постановление генеральной конфедерации, действовавшей в 1668 г. во время междуцарствия: «Ариане и отступники от католической веры, равно как и от унии, перешедшие в другое исповедание, не должны пользоваться покровительством сеймовых конституций, обеспечивающих свободу исповеданий... отступников же вышеупомянутых должно наказывать изгнанием из отечества, если вина их будет доказана судебным порядком». Это постановление сделалось руководящим в политике Польского государства. При короле Яне Собесском (1674—1696) постановлением сейма 1676 г. были уничтожены и права братств.
Так как ослабевшая от шляхетской анархии Польша не могла оказать защиты партии независимого казачества, гетман правобережной Украины Дорошенко предался туркам, и султан Магомет IV предпринял поход для покорения всей Украины. Таким образом, у Москвы и Польши появился общий враг; однако они не могли столковаться для совместной борьбы с Турцией, а в отдельности их действия против турок были бессильны. Ни победы воинственного польского короля Яна Собесского, ни походы московских воевод к Чигирину, столице правобережного гетмана, не заставили турок уйти из южной части Украины. Ради борьбы с Турцией между Москвой и Польшей в 1686 г. был заключен «вечный мир» (Московский договор), в силу которого Польша отказалась от притязаний на владение восточной частью Малороссии и г. Киевом. В других же русских областях, остававшихся за Польшей, поляки обязались дать православным свободу веры и оставить за ними те епархии, которые были даны им при короле Владиславе IV, а именно Луцкую, Львовскую, Перемышльскую, Могилевскую, или Мстиславскую. Православные епископы в Польском государстве ставились в зависимость от Киевского митрополита. Русское правительство получало право наблюдать за исполнением этих обещаний польского правительства и право заступаться и ходатайствовать за православных, если бы последние подверглись притеснениям.