Таким образом, формально положение Церкви в Турецкой Империи могло считаться твердым. Но это только формальная сторона. На деле оно очень часто было ужасным и невозможно описать все страдания, унижения и настоящие гонения, которые пришлось пережить Церкви в эти действительно «темные» века. Объясняется это, во-первых, тем, что те «права», о которых мы только что говорили, были совсем не «правами» в нашем смысле этого слова, а милостью Султана. Турецкое сознание было не менее, если не более теократическим, чем сознание римское, в котором абсолютизм власти все же умерялся древней и очень продуманной юридической традицией. Турецкий же султан был источником всех прав, милости как и немилости и никому не был обязан отчетом в своих действиях. В религиозной теории Ислама христиане были «райя» — скот, побежденные, неверные, и никаких прав, никакого гражданства им не полагалось иметь. Если бы все султаны были на культурной и государственно-политической высоте Магомета II-го, его «фирман», может быть, и соблюдался бы. Но, увы, во-первых, уже сам Магомет нарушил его, отняв у патриарха Геннадия им же дарованный храм Двенадцати Апостолов, а, во-вторых, очень скоро, Оттоманская Империя вступила в период государственной «деморализации» и в ней воцарился произвол, беспринципность и подкуп. Султаны обирали своих пашей, а те обирали христиан. Жаловаться же было некому. Положение заметно ухудшилось в 17-ом и 18-ом веках — самых безотрадных в церковной истории. Как замечает проф. Карташов, в эту эпоху Турция могла быть сметена любой из европейских держав, но Европа, из страха перед Россией, поддерживала Турцию, и закрывала глаза на вопиющие страдания христиан. В иных местах дело доходило до поголовной резни христиан. Заступалась за них одна Россия — но часто это приводило только к ухудшению их положения. Права патриарха постепенно свелись к нулю: единственным оставшимся было «право» ответственности за христиан: и вот в XVIII в. за 73 года — сменилось 48 патриархов! Некоторые из них низводились и снова возводились до пяти раз, много было и умученных. Бунты янычар сопровождались страшными кровопролитиями. Осквернялись храмы, рубились мощи, профанировались Св. Дары. Христианские погромы становились все более и более частым явлением. В девятнадцатом веке Турция попросту разлагалась. Она «была подобна больному человеку, всячески поддерживаемому Европой — против России!» Правда, этот век отмечен рядом «реформ», которыми султаны пытались «европеизировать» Турцию, и тем самым улучшить положение христиан. Но на деле это положение только ухудшалось, особенно же в связи с пробуждением национального сознания, мечты о свободе. За греческое восстание 1821 года — греки в Турции и Константинополе поплатились страшными избиениями. Этот год отмечен мученичеством патриарха Григория V-го. Его не спасла даже отлучительная грамота, изданная им против собственных единоверцев-повстанцев: но это малодушие он искупил своей верностью Христу в час смерти. На предложение отречься от веры, он ответил: «Напрасно трудитесь, христианский патриарх умирает христианином». Это был день Пасхи, страшной Пасхи 1821 года. Утром патриарх служил пасхальную Литургию и призывал всех в этот великий праздник забыть все земные скорби. Раздавши каждому по пасхальному яйцу, патриарх был арестован и в тот же день повешен на воротах патриархии. Христианам не помогали никакие законы, издававшиеся турецким правительством для успокоения европейского общественного мнения. Так, после севастопольской войны (в которой турки были союзниками Англии и Франции) и Парижского мира 1856 г. султан Абдул-Меджид «в неусыпной заботе о благе своих подданных», издал известный «Гатти-Гамаюн» (собственноручный декрет), по которому христиане уравнивались в правах с мусульманами. Восторг в Европе! На деле, это означало, по словам проф. А. П. Лопухина, «что христианские подданные султана, каковы бы ни были их утеснения и унижения, не могли теперь надеяться на какую-нибудь постороннюю помощь, а должны были рассчитывать исключительно на свои силы… И так как Турция осталась в неорганизованном, элементарном состоянии, то сознательное посвящение ее в идолы со стороны европейской дипломатии в 1856 г. никогда еще не было в таком резком противоречии с действительностью и никогда так позорно не было опровергнуто всем последующим ходом событий, как в конце царствования Абдул-Меджида, когда греки, в силу гатти-гамаюна, не только остались в ужасном социально-экономическом положении, но и лишились многих прежних своих прав и преимуществ».