Не менее трагическим нужно признать падение церковного просвещения, наблюдаемое в период турецкого ига. Правда, и до падения Империи просвещение носило скорее «аристократический» характер, не было уделом широких церковных масс. Очень много, как мы уже говорили, православный человек получал от богослужения и сами наши литургические тексты свидетельствуют о высоком уровне знаний церковного народа. Нельзя сказать, чтобы в турецкий период просвещение совсем исчезло, но понизилось и, главное, изменило свой дух: его целью стало сохранить эллинизм и притом в его крайне националистическом духе. По словам русского путешественника по Турции в середине 19-го века, «школьная любовь к эллинизму, без последовательного научения его, довольствующаяся отрывками, порождает лишь ограниченное, одностороннее образование, близкое к невежеству. Следствием этого бывает педантизм, напыщенность — от смешного желания примешивать к простому разговору древние эллинские фразы и, наконец, презрение к обыкновенному, но полезному знанию. Учителям кажется лучшим затвердить на показ кое-что о состоянии страны за 2.000 лет, чем ознакомить с современным ее положением. Византийское же высокомерие, признающее достоинство человека лишь в виде Грека, продолжает посевать между христианами самые не гуманные понятия».
Школьное образование, в той или иной форме, не прекращалось: в Константинополе во все время турецкого ига просуществовала Патриаршая Академия, светлую память сохранили о себе школа Патмосская, в которой в течение 25 лет безвозмездно преподавал основатель ее иеромонах Макарий, и Янинская — «колыбель возродившегося в наши дни эллинства» (архим. Антонин Капустин). Короткую, но блестящую историю имела в 18-ом веке Афонская Академия Евгения Булгариса, которую в конце концов монахи сожгли. «Мне говорили, — писал еп. Порфирий Успенский, русский знаток Востока, — что монахи подожгли ее намеренно, думая, что ученость не нужна для того света»…
И всё же общий уровень образования был очень низок. В 16-м веке Митрополит Фессалоникийский говорит, что «ни один монах в епархии не знает древнегреческого языка и не понимает церковных молитвословий», а в самом начале 19-го века Константин Иконом, греческий ученый, пишет: «Одно простое чтение богослужебных книг и часто весьма неудовлетворительное, если только оно соединялось с мелодичностью голоса, давало уже право на священническую и диаконскую должность». Только в середине 19-го века была осознана необходимость специального богословского образования и в 1844 году открыта первая богословская школа на о. Халки.
Из этого очевидно, что сама богословская традиция не могла удержаться на той высоте, на которой, она, несмотря на все внутренние «немощи», продержалась до самого конца Византии. Одну тему, настойчиво проходящую через весь турецкий период, следует отметить здесь: это полемику с инославными, прежде всего латинянами, а затем и протестантами. Порабощение греков турками открывало для папства новые перспективы и, увы, оно не преминуло ими воспользоваться. Вся эта эпоха отмечена непрестанно усиливающейся на Востоке латинской пропагандой, которая слишком часто оборачивается настоящим «уловлением душ» — и это вносит еще новую отраву, новое обострение во взаимоотношения разделенных христианских миров. На Восток были двинуты целые армии искусных пропагандистов, подготовленных в специальных школах (самая знаменитая из них — коллегия Св. Афанасия в Риме, открытая в 1577 г. папой Григорием ХIII-ым). Сеть римских епископий покрыла весь православный Восток.