Прежде всего меняются постепенно отношения Церкви и государственной власти. Уже с удельным дроблением началось затемнение той «симфонии», которая подавала такие надежды в начале Киевского «опыта». В 1157 г. Андрей Боголюбский выгнал из Ростова еп. Нестора, в 1168 г. Святослав Черниговский — еп. Антония Грека. Брат Мономаха, Ростислав убил инока Григория за обличение, а вел. кн. Святополк тоже за обличение мучил печерского игумена Иоанна. Но в общем голос Церкви в усобицах между князьями продолжал быть слышным, ее влияние на них было благотворно. С татарским игом центр государственной жизни переходит на север, в Суздальскую область, и за ним, естественно, передвигается и центр митрополии. Тринадцатый век — век расцвета Владимира и Суздаля. Но в государственном отношении это переходный период. С четырнадцатым веком начинается «собирание земли Русской» вокруг Москвы, и в этом собирании одним из решающих факторов оказывается союз с Москвой — Церкви, то есть именно ее иерархического центра. Само по себе передвижение митрополичьей кафедры (долгое время с сохранением за Митрополитом титула «Киевский») было естественным: глава Церкви не мог вести почти бродячую жизнь, какую вели первые Митрополиты татарского периода Кирилл и Максим (умер в 1305 г.); поселение митр. Петра и его преемников в Москве было вызвано естественным желанием поддержать единство распадавшейся в удельном хаосе Руси, соединить церковный центр с той государственной линией, которая стремилась к собиранию и единству. Но соединив свою судьбу с одной линией, всячески поддерживая ее, Церковь незаметно сама оказалась во власти этой линии, поставила себя ей на службу, перестала быть «совестью» государства, чтобы превратиться постепенно в опору и почти инструмент Московского «империализма». Мы знаем, какими сомнительными способами добивалась Москва своего единодержавия в России. Кровь Михаила Тверского, замученного в 1319 году в Орде по клевете Юрия Московского, проливается почти в то самое время, когда св. Петр Московский благословляет начало ее исторического возвышения… С другой стороны, переезд митрополита на север, благодаря всё тем же политическим трениям вызывает неудовольствие в юго-западной Руси, очевидный же союз его с Москвой повлечет за собой целый ряд разделений, споров, подкупов Константинополя, конкуренции митрополитов, и это постепенно ослабит нравственный авторитет Первосвятителя, стоявший так высоко в Киеве. Если св. Петр, Феогност, св. Алексий еще этот авторитет сохраняют, то после них мы видим постепенное стушевывание власти митрополита перед властью великого князя. Димитрий Донской уже попросту назначает угодных себе лиц: характерен эпизод с архимандритом Митяем, для поддержки которого он заключает в тюрьму еп. Дионисия, отказавшегося благословляться у еще не посвященного в епископы священника. Когда, исполняя поручение Константинопольского патриарха, желающего восстановления церковного единства на Руси, в Москву приезжает из Киева митрополит Киприан, Димитрий прогоняет его, а за ним прогоняет и Пимена, подкупом добившегося посвящения в Константинополе. С этой точки зрения окончательный переход митрополии в русские руки в 1448 году, когда собором русских епископов в митрополиты был избран св. Иона и в Грецию отправлена грамота о фактической независимости Русской Церкви от Константинопольского патриарха, если он и имел историческое «оправдание»: измену Исидора, официальную унию Византии с Римом, а очень скоро — и турецкое иго — на деле стал источником уже окончательного подчинения Церкви Государству и его политическо-национальным расчетам.
В Киевский период и в начале периода «северно-русского» Церковь была свободна от государства. «Поэтому она могла требовать у носителей княжеской власти подчинения некоторым идеальным началам не только в личной, но и в политической жизни: верности договорам, миролюбия, справедливости. Преп. Феодосий бесстрашно обличал князя узурпатора, а митр. Никифор мог заявлять князьям: «Мы поставлены от Бога унимать вас от кровопролития». Эта свобода Церкви была возможна прежде всего потому, что русская Церковь не была еще национальной, «автокефальной», но сознавала себя частью греческой Церкви. Ее верховный иерарх жил в Константинополе, недоступный для покушения местных князей. Перед вселенским патриархом смирялся и Андрей Боголюбский». (Федотов).
При всем своем участии в государственных делах, при всем своем патриотическом служении, иерархия продолжала сознавать себя представительницей другого высшего «целого» — Вселенской Церкви, и этим сознанием делало и свое патриотическое служение более веским, более независимым. Такое сознание мы видим еще и у первых русских первосвятителей Петра, Алексия, Ионы. Но вот, чем сильнее становится Москва и власть московского князя, тем слабее — авторитет московского митрополита. На соборе 1459 г. епископы поклялись не отступать от Св. Московской Церкви: разделение Русской Церкви по признаку исключительно государственно-политическому стало совершившимся фактом.