В указе говорилось: "Именным своим великого государя повелением быть Математических и Навигацких, то есть мореходных хитростию наук учению. Во учителях же тех наук быть Английския земли урожденным: Математической Андрею Данилову Фархварсону, Навигацкой - Степану Гвыну да рыцарю Грызу; и ведать те науки всяким в снабдении управлением по Оружейной палате боярину Федору Алексеевичу Головину со товарищи, и тех наук ко учению усмотря избирать добровольно хотящих, иных же паче и со принуждением, и учинить неимущим во прокормлении поденный корм... а для тех наук определить двор в Кадашеве мастерские палаты называемый Большой полотняный..."
Назначенные преподаватели осмотрели отведенное для школы помещение - и отказались от него, поскольку там нельзя было проводить практические занятия по астрономии и геодезии. "На том дворе учить тех наук учеников невозможно, - заявил Фарварсон, - для того что тот двор построен на месте низком, а надобно де тех наук двору потребну быть ради смотрения в совершенстве горизонта на месте высоком".
Четыре месяца спустя, в апреле, последовал новый указ, удовлетворяющий требованиям Фарварсона: "Сретенскую по Земляному городу башню, на которой боевые часы, взять со всяким палатным строением и с принадлежащей к ней землею под Школы Математических и Навигацких наук, которые велено ведать в Оружейной палате боярину Федору Алексеевичу Головину со товарищи".
С этого указа в истории Сретенских ворот начался новый и, пожалуй, наиболее яркий период, свидетельством и подтверждением че-го служит тот факт, что само название Сретенские ворота вскоре было вытеснено новым Навигацкая школа. Приспосабливая здание Сретенских ворот под школу, М.И.Чоглоков надстроил над палатами второго яруса, справа и слева от столпа, третий этаж, в котором были устроены классные комнаты и большой зал, названный Рапирным, для занятий фехтованием и гимнастикой. В нем же происходили различные заседания и ставились спектакли.
Башня была увеличена на ярус, и в ней устроили астрономическую обсерваторию.
Внутренние помещения перепланировали под жилые комнаты для преподавателей и учащихся.
Была составлена программа обучения.
Полный курс Навигацкой школы складывался из трех ступеней, называвшихся классами. В низшем, или русском, классе обучали грамоте и элементарной арифметике; второй класс - цифирный - включал в себя математику, физику, историю, красноречие и другие предметы; высшие же мореходные, или навигацкие, классы давали специальные знания. Срок обучения зависел от успехов учащегося, обычно он составлял 6-8 лет.
Были определены меры поощрения за хорошее ученье: "искусным", то есть успевающим, давать "на прокорм" в день по пяти алтын (15 копеек), а иным по гривне (10 копеек) и меньше, "рассмотрев коегождо искусство учения".
Из казны поступили деньги на книги, бумагу, перья и на прокорм учеников. (Правда, потом не всегда деньги поступали вовремя, и руководители школы вынуждены были обращаться к начальству с просьбами и увещаниями. Например, такого рода: "Ежели школе быть, то потребны на содержание ея деньги, а буде деньги даваться не будут, то истинно лучше распустить, понеже от нищенства и глада являются от школяров многие плутости".)
Из кладовой Ивана Великого, куда его в свое время убрали из дворца, достали и передали Навигацкой школе большой медный глобус, некогда привезенный в дар царю Алексею Михайловичу посольством Генеральных Штатов Голландии. В описании глобуса, составленном в ХVIII веке, говорится не только о его внешнем виде, но подчеркивается его польза: "Корпус сего глобуса из красной меди, живопись на нем старинная, высокой работы. Глобус и с подножием вышиною четыре аршина, в центре шесть английских футов, около него медный пояс, или меридиан, в полтретья пальца. Вокруг всего глобуса витые балясы точеные орехового дерева с резными из пальмового дерева фигурами... Сия высокой цены и отменной куриозности вещь не только к академии годна, но весьма надобна и полезна".
Для школяров была введена форма одежды на французский манер: кафтан, камзол, рубашка, чулки, башмаки и шляпа; старшим воспитанникам, кроме того, полагалась шпага.
Преподаватели могли вести занятия на латинском и западноевропейских языках - английском, немецком, французском - русского они не знали. Ученики же, которым по программе предстояло выучить эти языки, пока что знали только русский. Это обстоятельство поставило под угрозу саму возможность учебной деятельности Навигацкой школы.
И тогда вспомнили про Леонтия Магницкого. Поскольку преподавателей для Навигацкой школы назначал сам царь, то ему и отписали о Магницком.
Вскоре в Москве был получен царский указ о назначении Леонтия Магницкого учителем в Навигацкую школу.