В 1566 году в страшное время разгула опричнины царь Иван Грозный вызвал его с Соловков в Москву и повелел принять должность главы русской церкви - московского митрополита. Царю нужно было, чтобы это место занимал известный, почитаемый в народе человек, который своим авторитетом освящал бы его, царя, политику. Филипп ответил ему: "Повинуюсь твоей воле, но умири мою совесть: да не будет опричнины! Всякое царство разделенное (имеется в виду разделение Иваном Грозным жителей России на "опричнину" и "земщину". В.М.) запустеет, по слову Господа, не могу благословлять тебя, видя скорбь отечества". Иван Грозный был разгневан, но затем "гнев свой отложил" и поставил новые условия: он будет выслушивать советы митрополита по государственным делам, но чтобы тот "в опричнину и в царский домовой обиход не вступался".
Филипп вынужден был согласиться. Но при торжественном возведении в сан первосвятителя Русской Церкви он произнес Слово, в котором публично провозгласил, при каких условиях правления царя он может его поддерживать:
"О благочестивый царь! Богом сотворенное вместилище благой веры, поскольку большей сподобился ты благодати, постольку и должен Ему воздать.
Бог просит от нас благотворений: не одной лишь благой беседы, но и приношения благих дел. Поставленный над людьми, высоты ради земного твоего царствия, будь кроток к требующим твоей помощи, памятуя высшую над тобой державу горней власти. Отверзай уши твои к нищете страждущей, да и сам обрящешь слух Божий к твоим прошениям, ибо каковы мы бываем к нашим клевретам, таковым обрящем к себе и своего Владыку. Как всегда бодрствует кормчий, так и царский многоочитый ум должен твердо содержать правила доброго закона, иссушая потоки беззакония, да не погрязнет в волнах неправды корабль всемерныя жизни. Принимай хотящих советовать тебе благое, а не домогающихся только ласкательств, ибо одни радеют воистину о пользе, другие же заботятся только об угождении власти.
Паче всякой власти царствия земного украшает царя венец благочестия; славно показывать силу свою супостатам, покорным же - человеколюбие и, побеждая врагов силой оружия, невооруженною любовью быть побежденным от своих. Не возбранять согрешающим есть только грех, ибо если кто и живет законно, но прилепляется к беззаконным, тот бывает осужден от Бога, как соучастник в злых делах; почитай творящих добро и запрещай делающих зло; твердо и непоколебимо стой за православную веру, отрясая гнилые еретические учения, чтобы содержать то, чему научили нас апостолы, и что передали нам божественные отцы.
Так подобает тебе мудрствовать и к той же истине руководить подчиненных тебе людей, не почитая ничего выше и богоугоднее сей царственной заботы".
На несколько месяцев казни и бесчинства опричников в Москве прекратились, затем все пошло по-прежнему.
Митрополит в беседах с глазу на глаз и прилюдно увещевал царя остановить беззаконные и жестокие расправы, ходатайствовал за опальных. Об одной из таких увещевательных речей сохранился рассказ современника.
Однажды, в воскресный день, во время обедни, в Успенский собор явился царь в сопровождении множества опричников и бояр. Все они были одеты в шутовскую одежду, имитирующую монашескую: в черные ризы, на головах высокие шлыки. Иван Грозный подошел к Филиппу и остановился возле него, ожидая благословения. Но митрополит стоял, смотря на образ Спасителя, будто не заметил царя. Тогда кто-то из бояр сказал: "Владыко, это же государь! Благослови его".
Филипп посмотрел на царя и проговорил:
- В сем виде, в сем одеянии странном не узнаю царя православного, не узнаю и в делах царства... О государь! мы здесь приносим жертвы бескровные Богу, а за алтарем льется невинная кровь христианская. С тех пор как солнце сияет на небе, не видано, не слыхано, чтобы цари благочестивые возмущали собственную державу столь ужасно! В самых неверных, языческих царствах есть закон и правда, есть милосердие к людям, а в России нет их! Достояние и жизнь граждан не имеют защиты. Везде грабежи, везде убийства. И совершаются именем царским! Ты высок на троне, но есть Всевышний - Судия наш и твой. Как предстанешь на суд Его? Обагренный кровию невинных, оглушаемый воплем их муки, ибо самые камни под ногами твоими вопиют о мести?! Государь, вещаю яко пастырь душ.
Царь в гневе закричал на него:
- Филипп, ужели думаешь переменить волю нашу? Не лучше ли быть тебе одних с нами мыслей?
- Боюся Бога единого, - отвечал митрополит. - Где же вера моя, если буду молчать?
Иван Грозный ударил жезлом о каменный пол и сказал, как рассказывает современник, "голосом страшным":
- Чернец! доселе я излишне щадил вас, мятежников, отныне буду таким, каковым вы меня нарицаете! - И с этими словами вышел из собора.
Народ московский, который наполнял храм, все это видел и слышал.