Основное внимание в Набилковском коммерческом училище уделялось преподаванию математики, химии, физики, специальным предметам коммерческой корреспонденции и бухгалтерии. В то же время достаточно основательно изучались русская литература, история, немецкий и французский языки, был ряд факультативных курсов: английский язык, работа на пишущей машинке и другие. Училище обладало замечательной химической и физической лабораторией и обширной библиотекой.
При Набилковском училище оставался собственно приют, называемый пансионом, с бесплатным содержанием и обучением, но одновременно оно функционировало как обычная школа, в которой за установленную плату могли учиться все желающие.
Преподавали в училище высококвалифицированные педагоги, имевшие университетское образование и труды по своей специальности, большинство из них придерживалось либерально-социалистических взглядов.
Ученики Набилковского коммерческого училища имели свою форму одежды, отличную от формы всех других учебных заведений, чем они весьма гордились.
Форму училища составляли, как записано в уставе училища, "полукафтан (мундир) из черного сукна, гимназического покроя, однобортный, не доходящий до колен, застегивающийся на 9 посеребренных пуговиц, с четырьмя такими же пуговицами сзади, по концам карманных клапанов; воротник скошенный светло-фиолетового сукна и обшлага прямые одного сукна с мундиром, у обшлагов, где разрез, по две малые пуговицы; верхние края обшлагов и клапанов окружены светло-фиолетовою выпушкой. Шаровары черного сукна со светло-фиолетовой выпушкой. Пальто черного сукна, двубортное, гимназического покроя, пуговицы к нему такие же, как и на мундире; петлицы на воротнике светло-фиолетового сукна с пуговицею. Фуражка черного сукна, со светло-фиолетовым суконным околышем, со светло-фиолетовой выпушкою вокруг тульи; на околыше, над козырьком, жестяной посеребренный знак, состоящий из лавровых листьев, между коими помещены металлические прописные буквы "Н.К.У." (Набилковское коммерческое училище). Сверх того дозволяется носить в зимнее время: башлык из верблюжьего сукна, без галуна".
В 1902 году в Набилковское коммерческое училище был принят на казенный кошт одиннадцатилетний мальчик Александр Феоктистович Родин - будущий известный педагог и москвовед. До этого он уже побывал в двух приютах, испытал все тяготы горькой приютской жизни, и его приятно поразила общая атмосфера училища.
"Я был поражен различием режима в пансионе с режимом в приюте, - пишет А.Ф.Родин в своих воспоминаниях "Из минувшего". - Да, и здесь, в пансионе, строились в ряды, когда шли в столовую, - но как? - шумно, с болтовней, толкая друг друга, за столом - веселые разговоры, смех. Воспитатели останавливали лишь тех, кто слишком "расходился". В распоряжении ребят были лапта, мячи, во дворе - каток, снежные горы, в здании - шахматы, разные игры. Священник не приходил к нам разъяснять текст Евангелия, читаемого в ближайшее воскресенье в церкви, как это было в приюте, нас не водили ко всенощной в субботу, а вместо этого по субботам учителя проводили беседы с показом туманных картин преимущественно на географические, исторические и естественнонаучные темы".
Наряду с отсутствием казарменных порядков, в училище поощрялось развитие самостоятельных занятий: рисование, литературные сочинения, любительские спектакли.
А.Ф.Родин в 3-4 классе издавал рукописный журнал "Звездочка", для которого писали стихи и прозу, делали рисунки его одноклассники. Помещалась хроника школьной жизни такого рода: "Целую неделю стояла оттепель - это было самое буйное время для набилковцев, так как тотчас же после уроков начиналась целая серия сражений снежками".
Общее направление журнала было, как тогда говорили, "прогрессивное". Один из одноклассников Родина откликнулся на смерть А.П.Чехова стихотворением, которое начиналось такими строками:
Где же ты, обличитель-поэт?
Что ж молчит твоя грозная лира?
Обличитель наш умер, его уже нет,
Не придет обличать пошлость мира.
Наивная детская революционность в 1905 году выплеснулась в революционные действия.
Старшеклассники организовали Училищный совет для защиты прав учащихся, который добивался отмены наказаний, отмены обязательного посещения церкви, а также признание своего права проводить ученические собрания и сходки без разрешения директора.
Год спустя "волнения" в Набилковском училище уже были забыты, органы ученического самоуправления ликвидировались. Но несколько человек, входивших в ученический комитет, членом которого был и Родин, ушли в подполье. Они связались с подпольным "Социал-демократическим союзом учащихся средних учебных заведений Москвы", чтобы вести "революционную работу" под его руководством. Родин тогда записывает в дневнике, что он обрел цель жизни, и эта цель - революционная работа.