Постепенно правительство и Конгресс отказались от формулировки четкой политической доктрины, довольствуясь прагматической всеядностью. Путь, на который встала страна, уводил прочь от республики землевладельцев с приблизительно равным достатком. Америку второго десятилетия XIX века уже не интересовал вопрос «монархия или республика». На повестку дня встали реальные проблемы банковской ставки, постройки дорог, проведения каналов, роста и обогащения – то, что именуется развитием капитализма. Тон историческому развитию Америки задавала уже не южная Вирджиния, а индустриальные северные и центральные штаты, поддерживавшие рост западных поселений. Идеолог просвещенного гуманизма, Джефферсон самим ходом историко-экономического развития был осужден на фактическое одиночество в своем вирджинском поместье.
Отойдя от кипения политических страстей, Джефферсон посвятил себя чтению классической литературы, которое наполняло его душу восторгом, математическим истинам и здравой философии, равным образом безразличной к надежде и страху, дававшей ему утешение. В переписке с Джоном Адамсом, возобновленной после нескольких лет жизни в Монтичелло, Джефферсон дал своему корреспонденту совет, который говорит о его собственных жизненных правилах. Он призывал Адамса не стремиться к отдыху и с радостью встречать препятствия, которые ставит перед ним жизнь. Любовь к отдыху, по мнению Джефферсона, все шире разрастается в человеческой душе и ведет к отказу от физических упражнений, расслаблению разума, индифферентности ко всему окружающему, а в конечном счете – к анемичности тела и апатии ума, наиболее далеко отстоящим от счастья. Принципы философии счастья, по мнению Джефферсона, полнее других выразил Эпикур; согласно его учению, твердость является одной из четырех основных ценностей, без которых счастье невозможно. Встречать и преодолевать препятствия, а не бежать от них подобно трусам – вот поведение, характеризующее человека истинно счастливого.
К письму Адамсу Джефферсон, извиняясь за несколько лапидарный стиль, прилагал написанное двумя десятилетиями ранее краткое изложение столь почитаемой им философии Эпикура и сумму своих жизненных правил. Характерно, что моральные принципы он выводил из физических свойств Вселенной. Так, в фундаменте этической системы Джефферсона лежат представления о том, что Вселенная вечна, ее части, великие и малые, взаимосвязаны и взаимозависимы, существует лишь материя и пустота, движение внутренне присуще материи, которая обладает весом и падает. Далее следует утверждение о том, что существуют боги – создания более высокого порядка, чем ЛЮДИ; они наслаждаются в своей сфере собственными радостями, не касаясь забот смертных. Для смертных же высшая цель жизни – счастье, его основание – достоинство, мера достоинства – полезность. Существует и удовольствие, по своей природе активное и беспечное. Подлинная радость человеческой жизни – беспечность и отсутствие боли. Идеальное и искомое состояние, по Джефферсону – не испытывать телесной боли и волнений ума, быть благополучным, беспечным, спокойным. Чтобы достичь спокойствия ума, должно избегать желания и страха, двух главных болезней разума. Человек в своих действиях свободен. Его достоинства заключаются в благоразумии, выдержке, твердости и справедливости, Им противостоят глупость, желания, страх и ложь.
При помощи стоического мировосприятия Джефферсон хотел избежать моральных издержек, прежде всего разочарования, сохранить здоровое, спокойное и оптимистическое отношение к жизни. Характерно, что Джефферсон не обращался к религии. Религия для него была скорее суммой жизненных правил поведения. В одном из писем он писал, что всегда судил о религиозности других по их жизни, и предлагал судить себя по тому же критерию.
Из эпистолярного и литературно-публицистического наследия Джефферсона позднего периода его жизни встает портрет отнюдь не разочарованного и опустошенного государственного деятеля на досуге, а образ гармоничной, мужественной, целеустремленной, полной больших замыслов личности. Он говорил, что ведет свой челн, руководствуясь надеждой впереди, оставляя позади страх.