Согласно вавилонским источникам, армия Кира без боя вступила в Вавилон и освободила жителей страны от гнета Набонида. Кир обвинил его в нарушения благочестия по отношению к богам своей собственной страны и пренебрежении к ним, а сам принес жертвы богу Мардуку. Камбис, сын Кира, присутствовал как представитель своего отца на религиозном празднике в храме Эсагила. Жителям вавилонских городов были обещаны мир и неприкосновенность. Народам, которые были насильственно поселены в Месопотамии вавилонскими царями, Кир разрешил вернуться в свои страны. Захватив Месопотамию, Кир формально сохранил Вавилонское царство и ничего не изменил в социальной структуре страны. Вавилон стал одной из царских резиденций. В стране на первый взгляд все осталось прежним: вавилоняне продолжали занимать преобладающее положение в государственном аппарате, а жречество получило возможность возродить древние культы, которым Кир всячески покровительствовал. Это покровительство способствовало возрождению древних культов в покоренных странах и восстановлению разрушенных при его предшественниках храмы в Вавилонии, Ассирии, Эламе, Иудее. Более того, власть Кира в Вавилонии не рассматривалась как чужеземное господство, так как он получил царство «из рук бога Мардука», исполнив древние священные церемонии.
В августе 530 году до Н.Э. царем Ахеменидской державы стал Камбис, который вскоре начал готовиться к нападению на Египет. В мае 525 году до Н.Э. Египет превратился в персидскую сатрапию, Камбис был объявлен также и египетским царем и короновался по египетским обычаям, участвовал в египетских религиозных церемониях, приносил жертвы египетским богам и оказывал им другие знаки внимания.
В 552 году до Н.Э. царь Камбис получил известие о том, что его младший брат Бардия (жрец-маг Гаумата) захватил трон. Камбис отправился в Персию, но умер по дороге при загадочных обстоятельствах. Однако после нескольких месяцев правления, сам Бардия был убит заговорщиками во главе с будущим царем – Дарием. Сразу после захвата престола Дарием против него восстала Вавилония. Дарий лично возглавил поход против нее. Одно восстание вслед за другим, заставляли царя Дария применять карательные меры по всей территории Мидо-Персии. Вавилония была окончательно завоевана Дарием. Он разделил страну на несколько административных единиц – сатрапий, при этом впервые в истории был осуществлён принцип разделения властей: войска не подчинялись сатрапам и в то же время военачальники не имели административной власти. При Дарии владычество Персии было простиралось от Египта до Индии. Начало правления Дария было с восстановления положения старой персидской знати. Это вызвало мятежи в Вавилонии и Эламе, которые Дарий жестко подавил. Пока Дарий был занят карательными действиями в Вавилонии, против него восстали Персия, Мидия, Маргиана, Парфия, Армения, Саттагидия, Сагартия, сакские племена Средней Азии, Египет и во второй раз Элам. Все восстания сопровождались кровавыми расправами со стороны власти, а причины в поражениях мятежных областей – в отсутствии согласия и единства, в том числе в религиозной сфере. В 517 г. до Н.Э. Персия завоевала северо-запад Индии, позже Фракию. После смерти Дария, трон занял его сын Ксеркс. А уже его внук – Артаксеркс, своим указом, разрешил в 457 г. до Н.Э. восстановить Иерусалим предоставив Ездре огромную свободу в действиях, вплоть до издавания законов, назначения судей и государственного права
. Так закончился так называемый «вавилонский плен», непосредственным участником которого был пророк Даниил.Дарий покровительствовал зороастризму и считал жрецов стержнем персидской государственности. При нём эта религия в империи стала государственной. В Персии поклонялись древним божествам природы: Митре (богу Солнца), Анахите (богине воды и плодородия). Примечателен тот факт, что Мидо-Персия при Ахеменидах в свой пантеон божеств добавляла и божества покоренных народов. Смесь разных религиозных течений, языческих обрядов, различных культов вперемешку с зороастризмом привел к моральному упадку и нарушению государственного устройства. Отдельные сатрапии все меньше стали ощущать «центр силы» и уже в 330 году до Н.Э. ослабленное в определенном смысле царство, в период правления Дария III, относительно легко было покорено другим, теперь уже более мощным и набиравшим обороты государством – Македонией (Грецией).
Итак, мы рассмотрели каким образом Вавилонское царство было окончательно завоевано Мидо-Персией. Теперь рассмотрим, как Мидо-Персия была завоевана Македонией и вошла в огромную империю Александра Великого.