С 1506 до смерти в 1543 году Коперник жил в Вармии, обычно в Фрауэнбурге, где простые обязанности в соборе оставляли ему много свободного времени для научной работы, хотя ему приходилось порой откладывать ее, чтобы исполнять свою роль в управлении маленьким княжеством. Об этой стороне его жизни нам известно очень многое, но как печально, что мы ничего не знаем о том, вел ли он переписку с кем-то из ученых современников, хотя в любом случае ему нечему было у них научиться. Так или иначе, слава упорного исследователя астрономии наверняка распространилась из его весьма отдаленной родины в более центральные части Европы. В 1514 году, когда на Латеранском вселенском соборе встал вопрос о реформе календаря, Павел Миддельбургский, епископ Фоссомбронский, пригласил Коперника выступить по этому поводу, но, хотя приглашение поддержал его личный друг и коллега по варминскому капитулу (Бернгард Скультети), Коперник его отклонил, поскольку считал, что движение Солнца и Луны пока еще недостаточно изучено, чтобы окончательно решить этот вопрос. Однако несколько лет спустя другому знакомому удалось уговорить его высказаться по другому научному вопросу. В 1522 году Иоганн Вернер из Нюрнберга опубликовал небольшой трактат De motu octaves sphaerae, «О движении восьмой сферы», где рассуждал о проблеме прецессии и трепета. Бернард Ваповский, краковский каноник, обратил внимание Коперника на это сочинение и спросил, что он об этом думает. Длинный ответ, хотя и не опубликованный, судя по всему, был предназначен для распространения среди друзей и, разумеется, впоследствии был забыт, пока в конце концов его не издали в 1854 году[286]
. Он содержит очень резкую критику в адрес трактата Вернера, причем время от времени Коперник прибегает к довольно сильным выражениям. Он прямо не возражает против предполагаемой изменчивости величины годовой прецессии (более того, в своем великом труде он с ней соглашается), но указывает на хронологическую ошибку в одиннадцать лет, допущенную Вернером при определении даты наблюдения, сделанного Птолемеем, и указывает, насколько безоснователен его вывод о более быстром движении восьмой сферы в период от Птолемея до Альфонсо, чем в последующий период, притом что в течение четырехсот лет до Птолемея оно было равномерным. Особенно интересно посмотреть, как Коперник показывает, что, когда точка равноденствия в своем прохождении по малому кругу трепета пересекает эклиптику, годовая величина прецессии меняется наиболее быстро, тогда как изменение равно нулю в двух точках в 90° от точек пересечения, причем фактическая величина достигает в них максимума и минимума. Вернер полагал, что имеет место ровно противоположное, то есть что функция будет быстрее всего меняться в максимуме или минимуме.Мы находим, что с этим единственным исключением Коперник не позволял себе отвлекаться от упорной работы над астрономическим трудом, который он, видимо, запланировал вскоре после возвращения из Италии. Масштабные наблюдения за небом не входили в его планы, да и не принесли бы большой пользы, поскольку он никак не улучшил существовавших на тот момент инструментов. Коперник лишь время от времени вел отдельные наблюдения, в основном затмений и противостояний планет, что позволило ему заново определить некоторые элементы орбит. Двадцать семь наблюдений такого рода, сделанных с 1497 по 1529 год, указаны в его работе «О вращении небесных сфер», в приложении к которому Коперник упоминает, что в течение тридцати лет не раз определял наклон эклиптики. Было найдено еще несколько наблюдений, записанных в книги из его личной библиотеки, которые сохранились до наших дней. Но работа, которой Коперник посвятил всю свою жизнь, велась не в обсерватории, а в кабинете; ее целью было разработать новую астрономическую систему, столь же завершенную, как птолемеевская, основанную на идее о том, что Земля не является центром мира, а, как и другие планеты, движется вокруг Солнца.