В апреле 1940 г. Ивамото был переведён из кокутая Саеки в палубную авиацию на авианосец «Рюдзё», а потом на «Дзуйхо». Но и там он долго не задержался, будучи в начале октября 1941 г. направлен на «Дзуйкаку». Поскольку в штабе авиации ВМФ были прекрасно осведомлены о его выдающихся результатах, достигнутых во время войны в Китае, то не удивительно, что он был вскоре назначен командиром боевого патруля, на лётный состав которого возлагалась задача по обеспечению ПВО всего корабельного ордера. Однако, командуя этим подразделением, он сам, как ни странно, был лишен возможности сражаться в воздухе, так как его место было на посту наведения истребителей, который располагался рядом с боевой рубкой корабля. В результате, хотя авиагруппа «Дзуйкаку» и участвовала в знаменитой атаке на Перл-Харбор 7 декабря 1941 г., Ивамото не удалось тогда пополнить свой счёт побед. Впрочем, не так уж много шансов на это было и у других пилотов, поскольку над Жемчужной гаванью практически не было вражеских самолётов, так как американцы совсем не ожидали нападения. 24 декабря авианосец вернулся на базу, после чего его экипаж начал готовиться к рейду на Цейлон.
Хотя в ходе этого рейда Королевский флот понёс серьёзные потери, интенсивная боевая деятельность быстро начала сказываться на численности японских палубных авиагрупп, которые заметно редели с каждой неделей войны. В немалой степени это объяснялось, с одной стороны, конструктивными недостатками самих палубных машин, на которых в жертву достаточно высоким лётнотехнических данным (с учётом стоявших на них силовых установок) были принесены бронирование и протектирование баков, а с другой, практически полным отсутствием поисково-спасательной службы. Фактически экипажи сбитых или повреждённых самолётов могли рассчитывать только на себя. Именно из-за банальной нехватки квалифицированного лётного и командного состава Ивамото весной 1942 г. начал совмещать должности командира боевого воздушного патруля и командира звена, получив, наконец, возможность пополнить свой список побед.
К этому времени эпицентр боёв на Тихом океане сместился к берегам Новой Гвинеи, где с японской стороны действовал так называемый «Отряд Южных морей», поддерживаемый 4-м флотом. Однако стремительного захвата этого острова в духе кампании в Малайе или на Филиппинах не произошло. Союзники, опираясь на развитую транспортную инфраструктуру Порт-Морсби, быстро перебрасывали на остров всё новые и новые силы, в то время как японский императорский флот, поддерживая свои сухопутные войска, сражавшиеся в непроходимых джунглях, вынужден был доставлять все виды снабжения на необорудованное побережье. Единственным способом решительного перелома затянувшейся борьбы за Новую Гвинею мог стать десант, высаженный прямо на пирсы Порт- Морсби (операция «Мо»), Однако 6 мая 1942 г. американская авиаразведка вскрыла выдвижение японских корабельных соединений, и в последующие несколько дней развернулось ожесточённое сражение в Коралловом море между оперативными соединениями обоих флотов, в котором приняла участие палубная и базовая авиация.
Хотя по численности корабельного состава Японский Императорский флот в этой операции существенно превосходил американский, в количестве авианосцев задействованных с обеих сторон силы были примерно равными (по два корабля). С японской стороны в сражении участвовала 5-я дивизия авианосцев в составе «Дзуйкаку» и «Сёкаку», прикрываемая двумя тяжёлыми крейсерами и шестью эсминцами