Для полетов на большую дальность в 1960 г. один Ан-12 из 10-й серии (седьмая машина) был доработан в Ан-12УД («увеличенная дальность»), получивший дополнительные топливные баки от бомбардировщика ЗМ в грузовой кабине общей емкостью 7600 л. Это позволило довести общий запас топлива на борту до 21.870 л. Также увеличили запас масла и кислорода. На испытаниях, проведенных ОКБ Антонова совместно с ВТА и ВВС в период с 20 по 27 октября 1960 г., модернизированный самолет с полезной нагрузкой 3000 кг достиг дальности 4900 км, что на 1700 км больше, чем у «обычного» Ан-12. После испытаний Ан-12УД был передан в ВВС, эксплуатировался в строевой части и был разбит в мае 1968 г. из-за ошибки экипажа.
Такой вариант увеличения дальности полета было сравнительно дешевым и простым, но далеко не самым совершенным — все же баки занимали добрую половину грузоотсека. Более изящным решением стало включение в топливную систему двух встроенных баков емкостью по 5500 и 4350 л. Они устанавливались под полом грузовой кабины, там, где у пассажирского Ан-10 находились багажные отделения. Доработку под новые подпольные баки с 1963 по 1989 г. прошли многие Ан-12, а также последующие Ан-12А и Б, которые после этого стали называться Ан-12П, АП и БП.
В 1961 г. рассматривался и вариант Ан-12 с установкой под крыло двух подвесных баков емкостью по 6000 литров каждый и оснащения машин системой дозаправки топливом в полете, но из-за начала «ракетного бума» и отсутствия требуемого количества заправщиков этот проект так и остался на бумаге.
В том же году начался выпуск новой модификации самолета — Ан-12А (изделие «ТА»), Главным новшеством этого варианта стало добавление четырех мягких топливных баков — двух семисотлитровых в отсеках крыла возле внутренних силовых установок и двух по 450 л возле внешних. Благодаря этому общая емкость топливных баков была доведена до 16.600 литров. Ан-12А получил и усовершенствованные ТВД АИ-20 II серии с винтами АВ-ббИ сер. № 02, а в ходе выпуска — и АИ-20А (АИ-20 III серии) с увеличенным ресурсом. Выпуск АИ-20А был налажен в Перми, а с 1966 г. двигатель этой модификации освоил и запорожский завод. ТВД имел взлетную мощность 4000 л.с. и на крейсерском режиме его удельный расход топлива составлял 0,210 кг/л.с.ч. Внесли ряд других мелких изменений в конструкцию и оборудование самолета. Начиная с Ан-12А № 2340908 и № 2400501 кабина сопровождающих была рассчитана на 14 мест, а у самолетов, начиная с № 1340208 и с № 1400301 — уже на 20 человек. Число мест для десантников в грузовом отсеке не превышало 86. Продолжилось и усовершенствование оборудования самолетов. Была установлена единая курсовая система КС-6Г, радиокомпасы АРК-11 (два комплекта), система ближней навигации РСБН-2С «Свод». Ан-12А строился относительно небольшой серией, а первые «ашки» поступили в полки ВТ А зимой 1963 г.
В 1963 г. на ташкентском и воронежском авиазаводах начался выпуск Ан-12Б (изделие «ТБ»), На нем был проведен ряд конструктивных изменений, устраняющих отдельные недостатки, выявленные в процессе эксплуатации Ан-12, Ан-12А и Ан-10, а также но результатам контрольно-серийных, ресурсных и других испытаний. Проведение этих изменений позволило повысить гарантийный срок службы самолета до 2000 летных часов в течение 30 месяцев эксплуатации, увеличить вес топлива и полезной нагрузки, улучшить эксплуатационную пригодность машины.
Одним из главных отличий «бэшки» стало увеличение емкости топливных баков до 19490 литров за счет введения двух дополнительных баков-кессонов в отъемной части крыла, вмещавших 2800 л топлива. Кроме того, внесли изменения в топливную арматуру и доработали систему централизованной заправки топливом. Благодаря нововведениям дальность полета Ан-12Б была увеличена до 3600 км, а продолжительность полета — до 7 часов. В связи с увеличением емкости топливной системы самолета для обеспечения взрывобезопасной концентрации углекислого газа в топливных баках количество баллонов системы нейтрального газа довели до шести штук.
За счет введения усиленных панелей центроплана крыла с машин № 2400901 и № 2340701 и применения усиленного шасси удалось довести нормальный взлетный вес самолета до 54 т, а максимальный до 61 т. Это позволило за счет недозаправки топливом поднимать груз в 20 т, а в случае полной заправки в самолеты по № 401911 и № 3341510 включительно без снятия десантного оборудования можно загрузить 10920 кг, в самолеты последующих серий — 10670 кг грузов. В военное время разрешалось выполнить 200 полётов с взлётным весом 70 тонн. Максимальный посадочный вес Ан-12Б составлял 58 т, а в экстренных случаях и 60 т.
Для повышения эффективности триммера руля направления на Ан-12Б с № 402207 и с № 3341906 был установлен триммер увеличенной площади. Одновременно с этим в систему управления рулем направления была применена пружинная тяга, вступавшая в работу при отклонении руля на угол 16° и предотвращавшая падение усилий на педалях при его крайних отклонениях.