16 июня 1940 правительствам прибалтийских государств была вручена советская нота с требованием строгого соблюдения «Соглашения о взаимопомощи» и сформирования лояльных СССР правительств; 17 июня 1940 года СССР начал второй этап ввода своих войск в Эстонию. В ходе политических выступлений под руководством компартии, состоявшихся 21 июня, прежняя власть была бескровно свергнута и сформировано Народное правительство во главе с Й.Варесом. Новая власть провела 15 июля выборы в Государственную думу, которая приняла 22 июля 1940 года декларацию о вступлении в СССР и обратилась с соответствующей просьбой в Верховный Совет СССР. Эстония была принята в СССР 6 августа 1940; после чего в стране быстро были сформированы структуры государственной власти по советскому образцу.
Из частей бывшей эстонской армии в конце августа 194
Западные авторы обычно утверждают, что все остальные эстонские самолёты были «перегнаны на территорию СССР». В реальности дело обстояло не так. Прибалтийскому управлению ГВФ были переданы только один «Юнкере Ju-52/Зм» эстонской гражданской авиакомпании и один «Локхид L-14H Электра» бывшей польской авиакомпании LOT, застрявший в Эстонии в сентябре 1939 года. Кроме того, для испытаний в НИИ ВВС забрали ещё одного «поляка» — RWD-13S и эстонский PN-3. Прочая эстонская авиатехника совершенно не заинтересовала советское командование ввиду своей устарелости и ветхости; лишь на нескольких самолётах были совершены ознакомительные полёты, да и то это была личная инициатива отдельных «сталинских соколов»
В декабре 1940 года командному составу 22-го территориального корпуса, в том числе авиаторам, были присвоены советские воинские звания, а 23 февраля 1941 г. весь личный состав корпуса принял советскую военную присягу. Интересно, что никаких данных о репрессиях против эстонских военных, перешедших на службу в ВВС РККА, о которых так любят писать «демократические публицисты», до сих пор не удалось обнаружить даже эстонским историкам.
Группировка советской авиации в Эстонии к концу 1940 года была усилена частями авиации Балтийского флота; в октябре две эскадрильи 57-го БАП КБФ, вооружённые самолётами СБ, были преобразованы в 73-й БАП и перебазированы в Пярну; на побережье и Моонзундских островах разместили несколько звеньев летающих лодок МБР-2 и эскадрилью истребителей И-153.
Активность 22-й корпусной авиаэскадрильи в 1940–1941 гг. сводилась, в основном, к учебно-тренировочным полётам «с целью поддержания лётных навыков». При этом суровой и снежной зимой в воздух поднимались лишь один или два «Харта», поставленные на лыжное шасси.
Начало войны застало эскадрилью врасплох — как впрочем, и большинство авиачастей Прибалтийского особого военного округа. Хотя дислоцированная в Прибалтике 27-я армия, в которую входил 22-й территориальный корпус, находилась сравнительно далеко от новой государственной границы СССР, налеты Люфтваффе начались незамедлительно. В попытках выйти из под бомбовых ударов 22-я корпусная авиаэскадрилья, не получавшая никаких разумных приказов от командования, беспорядочно перелетала с одного аэродрома на другой, теряя при этом очередные самолёты. По данным эстонских авторов, до конца июня 1941 были уничтожены все краснозвёздные «Хеншели» и единственный «Энсон». 27 июня личный состав эскадрильи, оставшийся «безлошадным», получил приказ отправляться по железной дороге на переформирование вглубь России. Однако общая ситуация на фронте была настолько не в пользу русских, что большинство эстонских пилотов и механиков предпочло дезертировать и попрятаться по хуторам и погребам. Там они и оставались до конца августа 1941 г., когда немцы заняли всю Эстонию.