Однако, после попытки переворота все переменилось. Ущерб, нанесенный Биафре, был огромен. К 25 сентября биафрцы ушли из Агбора на Среднем Западе, на полпути между рекой Нигер и Бенином, а к 30 сентября снова заняли небольшой район круговой обороны у Асабы, спиной к реке. К северу от Энугу деморализованная пехота постоянно отступала перед продвигавшимися вперед с юга от Нсукки нигерийцами, так что к концу месяца город оказался в пределах досягаемости артиллерийского огня. 6 октября у Асабе биафрцы отошли через Нигер к Онитче и взорвали за собой мост, надавняя постройка которого обошлась в 6 миллионов фунтов, чтобы помешать Мохаммеду переправиться. Однако их ждало огромное разочарование: двумя днями раньше, 4 октября, нигерийцы вошли в Энугу. За границей была широко распространена уверенность в том, что Биафра должна была вот-вот потерпеть окончательное поражение. Но два обстоятельства спасли страну от краха: во-первых, личность полковника Оджукву, который сжал армию в кулак и как следует поговорил с офицерами и солдатами; во-вторых, народ этой страны, который ясно дал понять, что не намерен сдаваться. А поскольку солдаты — сегодня и всегда — это тот же народ, только в форме, то армия быстро это осознала.
Полковник Оджукву счел себя обязанным подать в отставку, которую Конституционная Ассамблея единодушно отвергла. Таким образом с делом Банджо было покончено, и Биафра приготовилась продолжать борьбу. Началась длительная тяжелая работа.
К этому времени перевес нигерийцев в огневой мощи, за счет ввезенного из Британии, Бельгии, Голландии, Италии и Испании оружия, стал почти подавляющим, а дальнейший призыв в армию позволил довести численность федеральных войск до 40 тысяч человек. Части, расположенные в Северной Биафре, теперь были организованы в Первую Дивизию, а войска за Нигером под командованием Мохаммеда — во Вторую. Первой командовал из Макурди, города, расположенного за много миль отсюда в Северной Нигерии, полковник Мохаммед Шува. Если добавить к ним еще и полковника Экпо, начштаба Вооруженных сил, и полковника Биссала, начштаба армии, то получится, что четверо Хауса контролировали нигерийскую армию. Предшественник Биссалы полковник Акахан был убит в вертолетной катастрофе при таких странных обстоятельствах, что поговаривали, что в вертолет подложили бомбу.
Конец осени и зима были неудачным временем для Биафры. На севере был сдан Энугу, а дальше на востоке на участке Огоджа нигерийские войска продвинулись от Огоджи до Икома, перерезав главную дорогу в соседний Камерун. Тогда, 8 октября, недавно сформированная Третья федеральная десантная дивизия под командованием полковника Бенджамена Адекунле, высадилась с моря в Калабаре, на юго-востоке. Если добавить к этому Бонни, который все еще оставался в окружении, и угрозу того, что Мохаммед попытается пересечь Нигер, то получалось, что биафрцам приходилось воевать на 5 фронтов.
Несмотря на яростные контратаки, нигерийцев не удалось выбить из Калабара и получавший постоянную поддержку их морской десант накапливал силы до тех пор, пока Адекунле не перешел в наступление и не прорвался в северном направлении к восточному берегу реки Кросс, пытаясь соединиться с Первой Дивизией в Икоме. Перекрыв вторую дорогу (из Калабара) в Камерун, нигерийцы полностью перерезали сухопутное сообщение Биафры с внешним миром.
Единственный воздушный мост, остававшийся теперь, был перенесен в Порт-Харкорт, и одинокий Б-26, изрешеченный пулями на земле, был заменен таким же одиноким Б-25, который пилотировал бывший пилот Люфтваффе, известный под именем Фред Герц.
В течение всей осени иностранные корреспонденты словоохотливо предрекали, что с Биафрой покончено. Подобные вопли были слышны и раньше, раздаются они и теперь, но биафрцы не очень-то обращали на них внимание.
В октябре — ноябре 1967 года полковник Мохаммед три раза пытался переправиться через Нигер из Асабы и взять Ониче.
В первый раз 12 октября он переправился с двумя батальонами. Одним из боевых командиров в Ониче был полковник Джо Ашузи, волевой и жесткий уроженец Среднего Запада, который во Второй мировой войне воевал в Британской армии, а потом прошел Корею. Он работал Инженером в Порт-Харкорте, и когда началась война, его записали в ополчение. Оттуда он перешел в армию Биафры. Заметив переправлявшиеся войска Мохаммеда, он решил устроить им ловушку.
Корабли причалили к берегу, и солдаты с бронемашинами высадились на сушу. Ашузи наблюдал с территории склада древесины, принадлежавшего Министерству общественных работ, как солдаты-Хауса обстреливали рынок Онитчи, самый большой в Западной Африке, чьи запасы когда-то оценивались в 3 миллиона фунтов. Закончив этот бессмысленный акт разрушения, солдаты построились и маршем пошли через пустынный город. Они прошли уже около мили, когда биафрцы двинулись в атаку. Нигерийцев, потерявших обе своих бронемашины, оттеснили к реке и в конце-концов уничтожили неподалеку от места высадки.