Возможно, мятеж Мегабиза подтолкнул Артаксеркса на поддержку местных общин, в том числе иудейской. Для этого в Иерусалим был направлен царский виночерпий, т. е. царедворец довольно высокого ранга, Неемия с полномочиями правителя провинции. Как и Эзра, он был фанатично верующим иудеем и продолжил линию Эзры, направленную на резкое отграничение общины от остального мира и на внедрение в ее жизнь установлений Пятикнижия. Но он пошел еще дальше. Неемия упорядочил внутреннюю жизнь общины. По завершении строительства стен Иерусалима, что, видимо, было особенно актуально в свете недавних сражений в Заречье, и в город переселили не меньше 1/10 всех общинников. Упорядочена была служба в храме, который стал подлинным центром не только религиозной, но и всей общественной остальной жизни иудеев и общинного самоуправления. Опираясь на древние установления, Неемия восстановил правило периодической отмены долгов и возвращения должникам отнятых у них земель. Были упорядочены подати в пользу храма и его служителей (Neh., 2—13). Все эти меры укрепили общину и позволили ей успешно противостоять враждебной коалиции, состоявшей из самаритян, кедаритов и жителей За-иорданья, которых возглавляли соответственно правитель провинции Самарии Санбаллат, царь Кедара Гешем и аммонит Тобий, как и Санбаллат, наследственный правитель своей территории (Tadmor, 1981, 221–223; Вейнберг, 1989, 192–193). Социальные реформы Неемии привели к росту благосостояния рядовых общинников и низших слоев жречества, а это, в свою очередь, как и приток новых переселенцев, вызванный и религиозными соображениями, и привлекательностью уровня жизни, стало причиной роста населения общины, так что во второй половине V в. до н. э. она насчитывала уже не менее 70 % всего населения провинции Иудеи. Такая община уже вполне могла стать опорой персидской власти.
Территориально иудейская гражданско-храмовая община находилась в провинции Иудее и, постепенно расширяясь, заняла ее почти целиком. Но все же юридически различия между провинцией и общиной сохранялись. Самоназванием общины было, по-видимому, "Израиль". Когда-то это слово обозначало союз двенадцати племен, происходивших, как они сами считали, от Иакова-Израиля, сына Исаака и внука Авраама. Позже так стало называться единое еврейское царство, а после его распада — северное царство. Хотя последнее исчезло, название "Израиль" сохранилось в народной памяти. Теперь оно стало означать все тех, кто почитал единого и единственного Бога и принадлежал к народу, заключившему с Богом договор и Богом избранному. После деятельности Эзры и Неемии так стали называть только членов общины с центром в Иерусалиме, не принимая в состав Израиля даже тех иудеев, которые жили в Палестине до возвращения пленных.