Следуя распространенной традиции и руководствуясь соображениями практического удобства, Ламарк в «Философии — зоологии» сначала дал описание ряда животных форм в порядке «деградации», т. е. от высших до самых низших. Переходя далее к естественному распределению животных и выделяя шесть последовательных ступеней усложнения организации, Ламарк разъясняет, что естественным порядком распределения следует считать такой, который будет согласен «с порядком самой природы», т. е. с ее эволюцией от «несовершеннейших и простейших животных» до «наиболее совершенных». В соответствии с. традициями и методами натуралистов XVIII в. он судил о степени совершенства животных по их близости к организации человека и высших млекопитающих, которых считал эталоном наиболее совершенной организации. Все остальные формы он располагал по ступеням близости к высшим млекопитающим. Приняв принцип градации, Ламарк обнаружил, однако, что процесс ступенчатого повышения организации может быть прослежен лишь при сопоставлении крупных систематических подразделений — типов и классов. Внутри классов травильной градации нет, она нарушена наличием частных приспособительных признаков, связанных с адаптацией к разнообразным внешним условиям.
Впоследствии Ламарк пришел к мысли, что соотношение между организмами нельзя выразить в форме единого прямого ряда. Он разветвляет кое-где схему восходящего ряда живых существ; она разбивается и начинает приближаться к родословному древу. Однако он продолжал считать градацию отображением основной тенденции развития природы и где только возможно располагал формы животных и растений в иерархическом порядке. Описывая различные классы животных, Ламарк отмечал наличие переходов между ними. Стремясь, во что бы то ни стало обнаружить переходные формы между всеми звеньями своей «лестницы существ», он часто допускал серьезные ошибки в связи со слабым развитием в то время сравнительной анатомии. Так, отметив отсутствие «переходной формы» между птицами и млекопитающими, Ламарк все же утверждал, что такие формы должны существовать, и подобными формами склонен был считать утконоса и ехидну. Черепахи фигурируют у Ламарка в качестве перехода от рептилий к птицам, змеи и угри связывают рептилий с рыбами и т. п.
Заключение о том, что между всеми видами имеются плавные, незаметные переходы и надо отыскать их среди множества существующих форм, по мысли Ламарка, должно было служить убедительным аргументом в пользу его концепции эволюции органического мира. Он обосновывал ее, прежде всего наличием разновидностей, занимающих промежуточное положение между двумя видами и затрудняющих установление между ними четких границ, трудностями диагностики близких видов и наличием в природе множества «сомнительных видов», сведениями о превращении одних видовых форм в другие при переходе в иные экологические или географические условия. В качестве классического примера, иллюстрирующего последнее положение, Ламарк приводил превращение лютика
Однако из правильного вывода об эволюции видов Ламарк сделал логически как бы вытекающее из него, но на самом деле не соответствующее действительности, заключение, что поскольку виды изменчивы, текучи, то реальных границ между ними в природе нет. Прийти к такому заключению было для него тем более естественно, что он, как было сказано, исходил из принятого, хотя и в преобразованном виде, представления о «лестнице существ». Это заключение, облегчавшее ему доказательство эволюции видов, привело его к отрицанию реальности видов.
Природа, по его мнению, представляет собой непрерывную цепь изменяющихся индивидуумов, а систематики искусственно, ради удобства классификации разбивают эту цепь на отдельные систематические группы. Представление Ламарка о текучести видов, об их превращении друг в друга стояло в логической связи с его трактовкой развития как процесса, не знающего перерывов и скачков. В полном соответствии с таким пониманием эволюции Ламарк отрицал естественное вымирание видов.
Таким образом, обоснованное отрицание постоянства видовых форм слилось в сознании Ламарка с отрицанием их реальности.