Климент тоже обошел стороной важнейшие вопросы богословия. Как простой смертный мог быть одновременно Логосом, божественным Замыслом? Что именно означают утверждения о божественности Иисуса? Совпадают ли понятия "Логос" и "Сын Божий" и какой смысл приобретает это древнееврейское звание в эллинистическом мире? Как безучастный Господь мог страдать в Иисусе? Почему вообще христиане считают Иисуса божественным, хотя сами настаивают, что на свете только один Бог? В III в. христиане начали сознавать эти проблемы особенно остро. Сначала некий римлянин по имени Сабеллий, о котором почти ничего не известно, предположил, что библейские понятия "Отец", "Сын" и "Дух" можно сравнить с масками (personae) вроде тех, какие носили тогда в театрах лицедеи, чтобы голоса звучали громче. Единый Господь открывается миру под тем или иным "лицом". У Сабеллия нашлись ученики, но большую часть христиан его теория встревожила. Из нее следовало, в частности, что, играя роль Сына, неуязвимый Бог в некотором смысле страдал, а подобная мысль казалась многим совершенно неприемлемой. Не меньшее возмущение вызвал в ту эпоху и Павел Самосатский (с 260 по 272 годы - епископ Антиохийский), который утверждал, что Иисус был простым смертным, в котором, как в храме, пребывали Слово и Премудрость Господа. В 264 году синод в Антиохии осудил богословие Павла, и тому удалось сохранить епископский сан только благодаря поддержке Зенобии, царицы Пальмирской. Как мы видим, для христиан было очень непросто примирить уверенность в божественной сущности Иисуса со столь же непоколебимой убежденностью в том, что Бог един.
В 202 году Климент покинул Александрию ради поста священника при епископе Иерусалимском, а его место в школе для новообращенных занял блистательный ученик Ориген, которому тогда едва исполнилось двадцать лет. В отрочестве Ориген страстно верил, что самый надежный путь на небеса - мученичество. Четырьмя годами раньше погиб на арене его отец Леонид, и Ориген попытался было последовать его примеру. Матери, однако, удалось удержать сына, спрятав его одежды. Ориген начинал с веры в то, что христианская жизнь означает противоборство со всем миром, но позднее отказался от этих взглядов и разработал свою версию христианского платонизма. Былая вера в существование бездонной пропасти между Богом и земным миром, преодолеть которую можно лишь ценой невыносимых мук, сменилась новым богословием, подчеркивающим неразрывную связь мироздания с Господом. Это была светлая, оптимистичная, исполненная радости духовная доктрина: христианин шаг за шагом восходит по лестнице бытия, пока не достигнет самого Бога, который есть наша родина и подлинная сущность.
Как платоник, Ориген верил в родство Господа и человеческой души; по его мнению, люди обладают врожденным знанием божественного, которое можно "вспомнить" и пробудить специальными упражнениями. Чтобы согласовать платоновскую философию с семитскими преданиями, Ориген разработал особый символический подход к толкованию Библии. Так, например, непорочное зачатие Христа в лоне Девы Марии следовало понимать прежде всего как зарождение божественной Премудрости в человеческой душе. Кроме того, Ориген внес поправки в некоторые идеи гностиков. По его теории, все обитатели духовного мира изначально созерцали несказанного Бога, который являл Себя в облике Логоса, божественного Слова и Премудрости. Но постепенно они устали от этого совершенного созерцания, выделились из божественного мира и, низвергнутые, застряли в телесных оболочках - это и был предел их падения. Тем не менее не все еще потеряно: душа может вернуться к Богу, пройдя долгую и трудную дорогу, причем путь этот продолжается и после смерти. Рано или поздно каждый выйдет из темницы тела, лишится половых признаков и вновь станет чистым духом. Созерцание (теория) приносит душе все больше знания (гнозис) о Боге, и знание это преображает ее до тех пор, пока, как учил еще Платон, она сама не станет божественной. Бог - полная загадка, и описать Его словами или идеями просто невозможно; тем не менее душа обладает способностью познавать Бога, так как отчасти разделяет Его божественную сущность. Созерцание Логоса - совершенно естественное занятие человека, поскольку все наделенные духом существа (logikoi) предначально равны друг другу. Когда души пали и были изгнаны из высшего мира, там остался лишь один дух, по-прежнему поглощенный созерцанием Божьего Слова. Это был дух будущего человека Иисуса Христа, а наши души - такие же, как и его. Вера в божественную природу Иисуса-человека была лишь переходным этапом; она помогает нам на нашем пути, но узреть Господа воочию можно только отказавшись от нее.