Пеннингтон, узнав, что Барбара наводит справки о его прежней жене, рассвирепел и заявил, что она играет с опасным парнем. После этих слов Барбара окончательно уверилась, что дело дрянь, и надо принимать радикальные меры — она направилась в службу шерифа и рассказала о своих подозрениях. Пеннингтон был задержан и провёл трое суток под непрерывным прессингом службы шерифа, однако, несмотря на побои и разного рода недопустимые методы ведения следствия, никаких признаний не сделал. Его выпустили, и он предпринял попытку покинуть пределы округа Империал, нарушив тем самым подписку о невыезде. Люди шерифа задержали его повторно и принялись избивать совершенно нещадно. Пеннингтон сдался и отвёл представителей правоохранительных органов к могиле Хелен Бейтц. Женщина оказалась задушена.
В свою защиту Пеннингтон сказал, что убивать её не хотел, а действовал исключительно в порядке самозащиты, дескать, Хелен бросилась на него с ножом. Он даже уверял, будто после душения пытался вернуть её к жизни и два часа делал искусственное дыхание. Опровергнуть эти утверждения судебные медики и криминалисты не смогли, поэтому преступника обвинили в убийстве второй степени. Несмотря на советы адвоката, Барбара Ирас отказалась разводиться с мужем, заявив, что тот всего лишь жертва обстоятельств, и она обязательно дождётся его освобождения! Воистину, чудны дела Твои, Господи… Сначала жена отправила мужа за решётку, а потом заявила, что будет его ждать!
Роберт Пеннингтон показывает место сокрытия трупа своей сожительницы Хелен Бейтц на горе Паломар.
Сравнительная мягкость статьи обвинения предопределила гуманность приговора — Пеннингтон получил всего лишь 5 лет лишения свободы. Освободившись в 1957 г. Роберт послал куда подальше жену, упрятавшую его за решётку, и покинул негостеприимную Калифорнию, направив свои стопы на восток. Он много бродяжничал, не имея постоянной работы, переезжал с места на место. Об этом этапе его жизни мало что известно — документов практически не осталось, а рассказы самого Пеннингтона всегда были очень скупы. По-видимому, ему было что скрывать. В 1961 г. в Айове он угодил за решётку по обвинению в изнасиловании и попытке убийства, тогда Пеннингтон попытался задушить жертву, но девушка осталась жива. 12 марта 1963 г. он бежал из тюрьмы и примкнул к бродячему цирку, курсировавшему вдоль Восточного побережья США.
На протяжении 1963 — 1964 гг. Роберт вместе с цирком неоднократно приезжал в Бостон. Летом 1964 г. Пеннингтон отделился от труппы и через всю страну направился в Калифорнию, в родные пенаты, так сказать. В начале 1965 г. на территории округа Империал он совершил убийство 19-летней Бренды Сью Соейерс (Brenda Sue Sayers), задушив жертву. После этого бежал в Индиану к родственникам, где был быстро пойман, благодаря ориентировке, полученной местной полицией от коллег из Калифорнии. В Индиане возиться с ним не стали и быстро передали службе шерифа округа Империал. Пеннингтон, узнав, что ему грозит обвинение в убийстве, принялся деятельно симулировать психическое расстройство: прикидывался немым, пил мочу, пытался демонстрировать кататонический ступор, неспособность ориентироваться в пространстве и т. п. фокусы. При этом периодически изображал прояснение сознания и адекватность, после чего опять «включал дурака».
Фотография из газеты 1952 г. Роберт Пеннингтон даёт признательные показания в кабинете окружного прокурора.
Во время имитации такого вот «прояснения» в ходе допроса 11 февраля 1965 г. он и передал детективам записку, написанную, очевидно, заблаговременно.
Пеннингтон не пошёл на сотрудничество с детективами, прибывшими из Бостона. Цель передачи им записки представлялась совершенно непонятной. Прокуратура Калифорнии в любом случае не допустила бы его экстрадиции в Массачусетс, поэтому остаётся лишь гадать, какую пользу Пеннингтон рассчитывал извлечь из своей инициативы.
Тем не менее, прибывшие в Эль-Сентро детективы постарались не терять время. Они изучили материалы расследований 1952 и 1965 гг. и пришли к выводу, что манера криминального действия Пеннингтона достаточно хорошо соответствует убийствам в Бостоне. Одновременно в этим большая работа проводилась с бывшими коллегами подозреваемого по работе в цирке. Его разъезды по восточным штатам во время работы Пеннингтона удалось восстановить с высокой надёжностью. Получалось, что в дни совершения, по крайней мере, 3 убийств, приписанных «Бостонскому душителю», цирк гастролировал либо в Бостоне, либо в его ближайших пригородах.
Всё это в совокупности означало, что Роберт Юджин Пеннингтон очень хорошо подходит на роль таинственного «Фантома». Вопрос заключался в том, как это можно доказать?