Решение Пейшоту оставить пост президента и его мероприятия по подавлению восстаний обычно удостаиваются восторженных похвал как действия, которые предотвратили утверждение у власти целой серии военных правительств, но это объяснение вряд ли может быть принято. Можно, пожалуй, согласиться, что он стремился добиться уважения к должности президента, но столь же решающим соображением явилось то, что государственная казна была опустошена экономической катастрофой 1892 года и расходами, вызванными подавлением последовавших восстаний. Существенную роль сыграл и тот факт, что штаты Сан-Паулу, Минас-Жераис и Риу-Гранди-ду-Сул, казна которых ломилась от денег, готовились к возобновлению борьбы, в случае если система военных репрессий будет сохранена. В итоге, когда бесплодные диктаторские режимы Фонсеки и Пейшоту более не стояли поперек дороги, Бразилия стала избирать на пост президента (на основе своей новой конституции) штатских лиц, которые положили начало развитию страны на современной основе.
Президентство Мораиса Барруса (1894-1898). Преемником Пейшоту стал Пруденти Жозе ди Мораис Баррус из Сан-Паулу. Он незамедлительно отрешил от должности губернаторов штатов, назначенных из числа представителей военщины, чтобы облегчить возвращение к системе занятия правительственных постов штатскими лицами, и назначил из гражданских лиц кабинет, самым способным членом которого был министр финансов Родригес Алвес. Новый президент столкнулся с рядом неотложных проблем. На юге Бразилия оказала решительное противодействие Аргентине, выдвинувшей притязания на всю территорию миссий, спор из-за которой длился со времени окончания Парагвайской войны. Когда в конце концов вопрос был передан на арбитраж, комиссия, назначенная президентом Кливлендом, присудила передать Бразилии большую часть этой территории. На севере правительство, понимая растущее значение каучука в бассейне Амазонки, столь же решительно выступило против притязаний Франции и Англии на то, что находящаяся под их властью территория Гвианы доходит до этой великой реки.
Бурное развитие самой добычи каучука в Бразилии привело к крупному восстанию на северо-востоке страны. Район этот, называвшийся «сертаном» (sertao), представлял собой засушливую территорию во внутренних областях штата Баия. Смешанное население «сертана», состоявшее из португальцев, беглых негров-рабов и индейцев, весьма косо смотрело на незваных гостей и было фанатически предано своим землям. Попытка бразильских каучуковых компаний вторгнуться в этот район и поработить его обитателей выдвинула на передний план замечательного вождя – Антониу Масиэла, по прозвищу «Советник», прибывшего из Сеары.
Под его руководством «сертанежус» разбили одну за другой несколько армий, посланных против них штатом, а затем и федеральные подкрепления. Военные операции, растянувшиеся на много месяцев, в конце концов завершились поражением Масиэла и подготовили почву для возобновления продвижения каучуковых компаний. Жестокость, которой сопровождалось разрушение примитивной культуры населения «сертана», находится, однако, в резком контрасте с той гордостью, какую бразильцы питают к произведению Эуклидиса да Кунья «Сертаны»; это произведении, описывающее примитивное население «сертана» и его обычаи, считается одним из шедевров бразильской литературы.
Президентство Кампуса Сальеса (1898-1902). В 1898 году Мораиса Барруса сменил на посту президента его земляк из штата Сан-Паулу – Мануэл Кампус Сальес. Катастрофа 1892 году и непрерывные восстания, венцом которых явилось восстание Канудус, привели Бразилию к 1898 году на грань банкротства. Финансовые трудности были усугублены накоплением излишков кофе, которые правительство скупило, чтобы спасти производителей от банкротства. Оказавшись не в состоянии производить платежи по внешним долгам, Мораис Баррус направил Кампуса Сальеса в Англию, где тому удалось получить долгосрочный заем у дома Ротшильдов, обеспеченный доходами от импортных таможенных пошлин, и добиться отсрочки на три года платежей наличными. Именно этому успеху Кампус Сальес и был обязан своим выдвижением на пост президента. В годы своего пребывания у власти Кампус Сальес вызволил Бразилию из финансовой трясины. Рост доходов от импортных таможенных пошлин, традиционные налоги на предметы первой необходимости и резкое сокращение правительственных расходов позволили Бразилии уже в 1901 году возобновить платежи по своим иностранным обязательствам.