Положение дел было чрезвычайно запутанное. Казна была близка к дефициту. Были израсходованы значительные суммы на армию сначала в виду опасений, порожденных столкновением с Великобританией, а затем вследствие раздоров с Монтевидео и Парагваем. Крушение одного из главных банкирских домов Рио-де-Жанейро и многих других финансистов вызвало панику. Торговля приостановилась. На вооружение армии и на увеличение военного флота уходили последние ресурсы государства. К счастью, недоразумение с Англией получило мирное разрешение. Заключение договора о тройственном союзе 8 мая 1865 г. было встречено всеобщей радостью. Народ воинственными манифестациями заявлял свое сочувствие войне с Парагваем, в надежде на территориальные приобретения и на усиление своего могущества; никто не высказывал недовольства ни на расходы, ни на такие чрезвычайные меры, как насильственный набор. Тем не менее кабинет Фуртадо пал. Причиной его падения был вотум недовериям по поводу вопросов внутреннего управления, выраженный палатой 24 мая 1865 г., и власть снова перешла к маркизу де Олин- да, который на этот раз составил кабинет из обоих оттенков либеральной партии, умеренных и радикалов. Дальнейший ход дел только усиливал финансовые затруднения и всеобщее недовольство. С 1866 г. правительству уже не хватало ни людей, ни денег. Что можно было придумать, чтобы спасти положение? Так как белых уже не хватало для пополнения армии, то пришлось брать в нее негров; освобождение рабов для превращения их в солдат было первым шагом к их освобождению. Свобода навигации явилась результатом такой же настоятельной нужды. Попытка сделать заем в Лондоне не имела успеха; внутренний заем в самой Бразилии был почти столь же неудачен. Безденежье было полное. В кабинете царило несогласие; поражение при Гумаите вызвало отставку всех его членов. Закариас снова явился на сцену и взял в свои руки финансы.
Таково было положение дел, когда наступил 1867 г. В стране происходили выборы. Министерство получило лишь очень незначительное большинство. Ему ставили в вину, как и его предшественникам, медленный ход войны. Когда же она окончится? Чем окупятся вся пролитая кровь и все израсходованные деньги? Консерваторы нападали на него за преждевременное возбуждение вопроса об освобождении негров, а с другой стороны ему приходилось вызывать народное недовольство, вводя новые налоги. В июле 1868 г. император назначил консервативное министерство. Это вызвало бурю в парламенте. Педро II и на этот раз прибег к роспуску палаты. Избрана была новая, но прежние инциденты должны были повториться в ней, так как они являлись лишь прямым последствием того положения, в которое поставила себя Бразилия, бросившись в далеки и слишком смелые предприятия. Несмотря ни на что, правительство твердо держалось намерения продолжать начатую с Парагваем войну. Оно упорно отвергало всякие предложения посредничества и не останавливалось ни перед какими жертвами. Наконец, смерть Лопеса даровала Бразилии победу. Эта тягостная пятилетняя война стоила ей 1.278.000.000 франков, не говоря уже о пролитой крови и тысячах людей, павших вдали от родины.
Министерство, вступившее в это время управление делами, обещало реформы, на первом месте которых стояло освобождение рабов; то же самое обещалось и в тронной речи, сказанной при открытии парламентской сессии в мае 1871 г., и в том же году закон об освобождении был вотирован. Но недалеко было время, когда стране пришлось переживать другого рода испытания. Поведение высшего духовенства, открыто поддерживаемого римским двором в его сопротивлении конституционным законам, вызвало одно из тех религиозных волнений, которые всегда сопровождаются крайним возбуждением умов порождающим нетерпимость и ненависть. Дело дошло до того, что правительство принуждено было принять строгие меры против ультрамонтанских интриг и в марте 1874 г. верховный суд приговорил епископа города Пернамбуко к заключению в тюрьме на четыре года. Епископы городов Олинда и Пара были также арестованы и отданы под суд, а иезуиты были изгнаны из провинции Пернамбуко, чего, конечно, было более чем достаточно, чтобы вызвать страшный гнев клерикальной партии. В заседании парламента 2 сентября 1874 г. министерство Рио-Бранко подверглось яростным нападкам нафанатизированных депутатов, которые доходили до того, что требовали немедленного предания его суду за измену и заговор против государственной религии. Министерству, между прочим, приходилось подавлять восстание в округе Сан-Леопольд. Духовенство метало громы против него, называя его «министерством отлученных» и «франкмасонским». Император не выдержал характера и, к прискорбию либералов, министерство пало; оно мужественно боролась с требованиями и посягательствами невежественной и тиранической секты, владычество которой висит постоянной угрозой над молодыми американскими народами.