Статистические данные о негритянском населении (как и о колониальном населении в целом) весьма разнятся между собой. Священник Аншиета утверждал, что в 1585 году из 57 тысяч человек, составлявших население Бразилии, негров было всего 14 тысяч, из которых 10 тысяч проживало в Пернамбуку и 4 тысячи – в Баие. Однако с 1600 года число цветных, ввозившихся в колонию, стало непрерывно возрастать. Некоторые авторитетные специалисты утверждают, что ежегодная цифра для колониального периода колебалась между 50 и 60 тысячами; иными словами, общая сумма к началу XIX столетия составила 5-6 миллионов. Другие, не менее почтенные, ученые считают, что цифра эта явно завышена, и урезывают ее почти наполовину. По оценке 1798 года, в колонии насчитывалось 2 миллиона негров – рабов и свободных. Мо в 1808 году определил численность негритянского и мулатского населения Минас-Жераиса в 200 тысяч человек.
Бразильские негры поступали из разных частей Африки. Главными из них являлись Судан, Нигерия, Золотой Берег, Гамбия, Сьерра-Леоне, Либерия (нынешняя), Берег Слоновой Кости, северная Нигерия, Ангола, Конго, а также Мозамбик на восточном побережье континента. Основные невольничьи рынки существовали в портах, главным образом в Рио-де-Жанейро, Баие, Пернамбуку и Мараньяне, а также во внутренних областях – Вилья-Рике и Минас-Жераисе. Здесь негры сбывались владельцам плантаций и горных разработок, которые рассматривали их и торговались из-за цены, как при покупке скота.
Смешанные группы. Обилие негров-рабов в тех условиях, когда португальские землевладельцы не признавали иного закона, кроме собственной воли, неминуемо должно было привести к процессу смешения рас. Вскоре возникли мулаты как отдельный элемент в составе населения. Они часто становились не полевыми рабочими, а ремесленниками. Мулаты обеих прослоек при случае бежали с плантаций в леса, расположенные во внутренних областях. Здесь они смешивались с индейцами и дали начало группировке, получившей название «кафусу» (cafuso). Поскольку между всеми этими этническими группами происходила дальнейшая метизация, их потомки, в тех случаях, когда нельзя было установить ни одного характерного признака, стали называться «парду» (pardo).
Многочисленных представителей этой группировки можно встретить в долине Амазонки и в наши дни, где они известны также под именем "кабоклу» (caboclo). Последний термин, однако, в Амазонии часто применяется для обозначения потомков индейцев и белых, в то время как на юге такое смешение известно под именем «мамелюку» (mameluco).
Иезуиты. Церковь в целом с самого начала оставалась в колониальной Бразилии немощной и бедной. Был лишь один орден – орден иезуитов, которому удалось сосредоточить в своих руках крупные богатства и власть, да и тот оказался изгнанным. Вокруг него и сосредоточились наиболее важные эпизоды истории церкви в колонии. Сразу после своего прибытия в Бразилию в 1549 году во главе с Томе да Сузой иезуиты начали кампанию по обращению туземного населения в христианство. В XVI столетии на этом поприще отличились среди прочих Мануэл да Ноб- рега и Жозе да Аншиета. Нобрега действовал среди туземного населения Сан-Паулу. В 1553 году он создал здесь школу, главой которой стал Аншиета. Оба они сыграли немалую роль в завоевании поддержки индейской конфедерации, которая помогла португальцам изгнать французов из Рио-де-Жанейро.
Наиболее значительным делом иезуитов явилось поощрение миссионерской деятельности и создание собственных миссий во внутренних областях Сан-Паулу. Однако именно этот успех имел два пагубных последствия. Объединение индейцев в католические конгрегации облегчило охоту за рабами паулистам, которые в конце концов истребили большую часть индейских племен, обитавших в южном районе. Во-вторых, усилия иезуитов, направленные на защиту своей паствы, привели их к конфликту с паулистами. Борьба эта вспыхнула с яростным ожесточением в 1639 году, когда иезуиты, используя свое влияние, добились от папства повторного осуждения индейского рабства. В отместку паулисты изгнали их из провинции на пятнадцать лет. Обратно иезуитов допустили только тогда, когда они дали обязательство не совать свой нос в паулистские экспедиции за рабами среди индейского населения.
Иезуиты создали свои миссии и предприняли попытки преградить путь бразильским охотникам за рабами и плантаторам и в других частях Бразилии. Особое значение в XVII столетии имела деятельность Антонио Виейры, который прибыл в Бразилию в 1553 году, убедив правительство создать «Бразильскую компанию». В Бразилии он был облечен полномочиями улучшить положение индейцев. По прибытии в колонию Виейра ярко описал королю те ужасающие условия в каких находились индейцы-рабы, особенно в амазонских провинциях Мараньян в Пара. Горя желанием улучшить участь туземного населения, Виейра возвратился в Португалию, где ему удалось убедить короля полностью передать индейцев под власть иезуитского ордена.