Подавление восстания повлекло за собой тяжелейшие последствия. Власть Ганноверов была низвергнута в Шотландии, а их армия разгромлена, поэтому правительство было полно решимости не допустить повторения 1745 г. Горцев считали варварами, и преемник герцога Камберленда граф Олбемарл предложил свое решение, как преодолеть «дурные наклонности людей в большинстве северных графств и их закоснелое упрямство... Ничто не может исправить это, кроме опустошения и испепеления всей страны и удаления всех ее жителей (кроме некоторых) из королевства». Эта жестокая политика не была приведена в исполнение, но «умиротворение» Хаиленда характеризовалось убийствами, изнасилованиями и систематическим грабежом, а также решительными попытками изменить политическую, социальную и стратегическую структуру Хаиленда. Кланы были обезоружены, а клановая система подорвана. Сооружались дороги и форты. Была отменена наследственная юрисдикция и запрещено ношение традиционной горской одежды. Те шотландские члены Вестминстерского парламента, которые были не согласны с такой политикой, должны были уступить, так как у них не было национальной и автономной поддержки, опираясь на которую, они могли бы противостоять противникам. Таким образом, восстание и его подавление дали повод и возможность для проведения радикальной правительственной политики против наследственных привилегий, особенно региональных и аристократических, к которой столь редко прибегали в Британии.
Происходили перемены, носившие и более долговременный характер. В сущности, Шотландия, как и многие другие зависимые части многонациональных королевств или федеративных государств, утратила возможность выступать с важными политическими инициативами. Это касалось как Хайленда, так и всей страны в целом. И все же это нельзя рассматривать как пример английского давления на нерасположенный к реформам народ, так как политические изменения принесли выгоду и отчасти были инициированы местными политиками. Многие шотландцы, особенно многочисленные пресвитериане, были последовательными противниками Стюартов и поддерживали принцип протестантского престолонаследования. Лондон в управлении Шотландией опирался не на англичан, а на шотландских политиков, таких как третий герцог Аргайл и, в конце столетия, Генри Дандес. Священники, богатые горожане и провосты руководили местной администрацией. Шотландские специалисты и лэрды, оставшиеся на земле, также принимали участие в управлении страной.
События 1745 г. продемонстрировали уязвимость правительства Ганноверов, но, с другой стороны, привели к его укреплению. Таким образом, они подвели черту под длительным периодом нестабильности и заложили основу для фундаментального реформирования британской политики, при котором тори перестали ассоциироваться с якобитами. Тем самым открылся путь к сглаживанию раскола между вигами и тори, которое и произошло в следующие 17 лет. Попытки умиротворить противников и ввести их в состав министерства, а также ожидания, связанные с наследником трона, сначала Фредериком, принцем Уэльским, умершим в 1751 г., а затем будущим Георгом III, наряду с его поведением после восшествия на престол в 1760 г., подорвали сплоченность и политическое единство тори и вовлекли некоторых из них в правительство. К тому же отношения между Англией и Шотландией складывались в условиях охотного включения влиятельных шотландцев в правительственную систему, без альтернативной якобитской или националистической программы действий при общем снижении уровня напряжения и насильственных действий.