В апреле 1689 г. знамя Якова в Шотландии поднял Джон Грэм из Клеверхауса при поддержке сторонников епископальной шотландской церкви, находившейся, как и англиканская церковь, под управлением епископов. При Стюартах это была официальная форма церковного управления, но в Шотландии вследствие Славной революции возродилась соперничающая с епископальной пресвитерианская церковь, на стороне которой стояла примерно половина населения страны. В сражении при Килликренки 27 июля 1689 г. горцы Клеверхауса, вооруженные лишь холодным оружием, обратили противников в бегство, но их вождь был убит, а неумелые преемники не сумели продолжить его дело. В конце 1691 г. большинство вождей Хайленда принесли присягу Вильгельму III. Произошедшая в следующем году резня при Гленко, в которой были уничтожены якобиты Мак-Дональды, показала, что новый строй полагается прежде всего на силу.
Война за Ирландию
Решающие битвы проходили в Ирландии, завоевание которой, осуществленное сторонниками Вильгельма, продемонстрировало, что мощная военная сила под умелым руководством способна преодолеть сопротивление враждебного населения. Из главной французской военно-морской базы в Бресте было легче доплыть до Ирландии, чем до Шотландии. В 1689 г. приверженцы Якова контролировали большую часть острова, хотя Дерри, из страха перед католиками, которые вполне могли устроить всеобщую резню, сел в осаду, которая была снята английским флотом в июле того же года. В августе в Ирландии высадились войска Вильгельма, набранные преимущественно из датчан и голландцев, которые заняли Белфаст и Каррикфергус. Таким образом, военно-морская мощь давала Вильгельму свободу действий и не позволяла Якову захватить всю Ирландию. Прибыв в Ирландию в июне 1690 г., Вильгельм двинулся на Дублин, где обнаружил уступающую в численности армию якобитов и французов (21 000 против 35 000-40 000), собравшуюся на южном берегу реки Бойн. То, что Людовик XIV не сумел осознать важности Ирландии, которую прекрасно понимал Вильгельм III, также сыграло на руку голландцу, так как французы оказывали ирландцам помощь в весьма ограниченных размерах. Одержав 1 июля победу над якобитами на реке Бойн, Вильгельм с легкостью взял Дублин, хотя в следующем месяце так и не смог захватить Лимерик. Джон Черчилль, в то время граф Марльборо, взял Корк (сентябрь) и Кинсейл (октябрь). 12 июля 1691 г. Хью Мак-Кей опрокинул фланг якобитской армии в последнем крупном сражении при Огриме, проведя свою конницу через болото по деревянному настилу, и якобиты бежали, понеся значительные потери при отступлении. Голуэй пал, а якобиты потерпели полное поражение после сдачи Лимерика 3 октября. Война нанесла острову огромный ущерб. Например, в 1690 г. была сожжена восточная часть города Атлон, а западная часть серьезно пострадала в 1691 г., приняв на себя 12 000 пушечных ядер и 600 бомб во время обстрела.
Ирландия в XVIII в.
По Лимерикскому миру (1691 г.) ирландские якобиты сдались, и многие из них, «дикие гуси», отправились во Францию на службу Якову. После этого Ирландия оказалась во власти протестантского правительства, которое еще больше укрепило здесь позиции протестантов. В 1641 г. католики владели 59% земель, а в 1688 г. — 22%. К 1703 г. это соотношение снизилось до 14%, а к 1778 г. — до 5%. Чиновники и землевладельцы католического вероисповедания были смещены с постов и лишены владений. Были приняты парламентские акты, направленные против католиков. По закону от 1704 г. католикам запрещалось свободно приобретать или передавать по наследству землю или собственность. Они были также лишены избирательных прав и изгнаны из политической, военной и юридической сфер, в том числе и из Парламента. Законодательные акты запрещали смешанные браки и католические школы. Католикам не позволялось носить оружие. Однако процент католического населения не снизился, так как серьезные гонения носили эпизодический, а не постоянный характер, в то время как католическое духовенство, надевшее светскую одежду и тайно отправляя мессы, продолжало свою работу, опираясь на сильную устную культурную традицию, связь католичества с национальным самосознанием, возникшую в представлениях ирландцев, школы под открытым небом, при молчаливом попустительстве правительства и поддержке со стороны католической Европы.