Учась в Китае, в Гирине, Ким Ир Сен вступил в подпольный марксистский кружок, созданный китайскими комсомольцами. В 1929 г. кружок был раскрыт властями, и его члены угодили в тюрьму. Через полгода 17-летний подросток, выйдя из тюрьмы и так и не окончив школы, ушел в партизанский отряд – один из многих, созданных КПК, чтобы сражаться с японскими захватчиками. Уже в 1932 г. Ким Ир Сен вступил в китайскую компартию. Он хорошо воевал и быстро продвигался по службе: в 1934 г. был командиром взвода во Второй партизанской армии, воевавшей против японцев близ корейско-китайской границы, а уже через 2 года командовал 6-й дивизией. Имя Ким Ир Сена получило известность после удачного рейда на Почхонбо, когда были уничтожены жандармский пост и некоторые японские учреждения. Тогда по всей Корее распространились слухи о «полководце Ким Ир Сене», а власти пообещали награду за любую информацию о его местонахождении. В конце 30-х гг. он был уже командиром 2-го оперативного района, и ему подчинялись все партизанские части в провинции Цзян-дао. Однако в это время положение маньчжурских партизан резко ухудшилось: в боях с японцами они несли тяжелые потери. Из высших руководителей 2-й армии в живых остался только Ким Ир Сен, на которого японцы охотились с особой яростью. В такой обстановке в декабре 1940 г. он вместе с 13 бойцами прорвался на север и, перейдя по льду Амур, оказался на территории СССР. Пройдя положенную проверку, уже через несколько месяцев 28-летний партизанский командир стал слушателем курсов при Хабаровском пехотном училище.
Личная жизнь Ким Ир Сена складывалась в целом удачно. Правда, первая жена Ким Хё Сунн, воевавшая в его отряде, попала в плен к японцам, о чем они сообщили как о большом триумфе. Дальнейшая ее судьба неизвестна. В конце 30-х гг. Ким Ир Сен женился на Ким Чоч Сун, дочери батрака из Северной Кореи, которая с 16 лет воевала в партизанском отряде. В 1941 г. у них на советской территории родился сын, которого назвали русским именем Юра (он стал следующим руководителем КНДР, известным всему миру как Ким Чен Ир). Потом у них родилось еще двое детей.
В 1942 г. в поселке Вятск близ Хабаровска из перешедших на советскую территорию корейских партизан была сформирована 88-я стрелковая бригада, в которую получил назначение командиром батальона молодой капитан Красной Армии Ким Ир Сен. Это была бригада специального назначения. Некоторые ее бойцы участвовали в разведывательно-диверсионных операциях на территории Маньчжурии. Правда, сам Ким Ир Сен за время войны ни в каких операциях не участвовал. Но ему очень нравилась жизнь кадрового офицера, и он не видел своего будущего вне армии: академия, командование полком, дивизией. Многие уже тогда стали отмечать властолюбие молодого офицера. В быстротечной войне с Японией 88-я бригада участия не принимала. После войны она была расформирована, а ее солдаты и офицеры отправлены в освобожденные города Маньчжурии и Кореи как помощники советских военных комендантов и для обеспечения связи военных властей с местным населением. Ким Ир Сен был назначен помощником коменданта Пхеньяна, будущей столицы Северной Кореи. В Корею он прибыл в октябре 1945 г. на пароходе «Пугачев». Его приезд оказался как нельзя кстати, поскольку попытка советского командования опереться на националистические группировки не удалась, а местное коммунистическое движение было не столь сильным, но слишком стремилось к самостоятельности. Поэтому молодой офицер Советской Армии с героической партизанской биографией оказался лучшей фигурой на роль «вождя прогрессивных сил Кореи». 14 октября командующий 25-й армией И. М. Чистяков на митинге представил Ким Ир Сена как «национального героя» и «знаменитого партизанского вождя». С этого и началось его восхождение к вершинам власти.
В декабре 1945 г. Ким Ир Сен был назначен председателем Северокорейского оргбюро Компартии Кореи, а в феврале следующего года по решению советских военных властей возглавил Временный народный комитет Северной Кореи – временное правительство страны. Это была формальная должность, поскольку даже после провозглашения в 1948 г. КНДР определяющее влияние на жизнь страны оказывали советские военные власти и аппарат советников, составлявшие важнейшие документы и принимавшие решение. Даже назначение офицеров на должность выше командира полка до середины 50-х гг. необходимо было согласовывать с советским посольством.
Первые годы пребывания Ким Ир Сена на родине оказались омрачены двумя трагедиями: в 1947 г. утонул сын, а в 1949 г. во время родов умерла жена. В этот период обозначилось острое противостояние в стране, разделенной по решению Потсдамской конференции на зоны оккупации – советский Север и американский Юг. Оба режима претендовали на роль единственного законного объединителя страны. Дело шло к войне, но не Ким Ир Сен был самым решительным сторонником решения корейской проблемы военным путем. Решение начать войну принималось весной 1950 г. в Москве во время визита Ким Ир Сена и его бесед со Сталиным.