Между тем предшествовавшая распря за архиепископство зальцбургское кончилась тем, что оба архиепископа, Филипп и Ольдрих, отреклись от своих санов при содействии с одной стороны короля Оттокара, а с другой — папы Урбана IV (1264). Но когда папа облек короля чешского правами фойгта в архиепископстве зальцбургском и епископстве пассауском, — правами, дотоле обыкновенно принадлежавшими герцогам баварским — и когда король затем возвел в архиепископы зальцбургские двоюродного брата Оттокарова, Владислава, князя нижнесилезского, дотоле бывшего пробстом вышеградским в Чехии, то все это в соединении с другими событиями в Германской империи возбудило сильный гнев герцогов баварских. Они стремились в это время возбудить прочих князей к свержению Ричарда корнваллийского и к избранию нового императора в которые прочили они подремавшего сына короля Конрада IV, Конрадина, как преемника власти гогенштау фенов, воспитанного Людовиком пфальцским, старшим из братьев баварских. Но король чешский, пользуясь своим влиянием в Германии, воспрепятствовал этому замыслу, шедшему притом вразрез с желаниями папы. Когда наконец в 1265 г. герцог баварский Гейзрих вторгнулся с войском в Зальцбург и Пассау, то война немедленно вспыхнула. Оттокар трижды вторгался без союзников в Баварию и взял много городов между прочим также и Эгер, принадлежащий Конрадину. По прошествии двух лет только заключено было перемирие, по которому Оттокар удержал за собой все завоеванные места (1267), восстание герцогов баварских против Ричарда корнваллийского стихло, когда вскоре затем 15-летний Конрадин погиб во время несчастного похода в Италию, стремясь воротить отцовские королевства апулийское и сицилийское (1268).
Между тем Оттокар, в силу обещания, данного им папе, еще раз выступил в крестовый поход к Балтийскому морю, против языческих литовцев, живших к востоку от пруссов; но по причине мокрой зимы (1268) это предприятие не удалось. В тоже время он переговаривался с папой Климентом IV о высвобождении земель своих из подчинения архиепископу майнцскому и об учреждении особенного архиепископства с местопребыванием в Ольмюце; но и этому помешали папские отношения к архиепископу майнцскому.
Напротив того, в том же (1268) году между ним и двоюродным братом его, Ольдрихом, герцогом хорутанским, состоялся договор, по которому Оттокар признан наследником Хорутании, на случай если бы Ольдрих не оставил мужского потомства. Договор этот заключен был с согласия брата Ольдрихова, Филиппа, бывшего архиепископа зальцбургского, в награду за что Оттокар своим ходатайством помог избранию его в патриархи аквилейские. Но когда Ольдрих на следующий год (1269) умер и. Оттокар принял в управление его земли, Хорутанию и Краину, то Филиппу захотелось тогда светской власти и он вступил в тайный союз как с туземным дворянством, так и с венгерским королем Стефаном V, только что (1270) вступившим на престол по смерти отца своегб Белы. Этим путем удалось Филиппу быстро захватить власть, но отсюда же возникла новая война между Чехией и Венгрией.
Короли вскоре заключили между собой перемирие на два года, без согласия Филиппа; притом негодный образ жизни последнего возбудил против него аквилейскую капитулу, вступившую в соглашение с королем чешским и затем лишившую Филиппа патриархата, в управление которым он еще не вступал и не был даже доселе посвящен на служение. Когда Оттокар вторгнулся в Хорутанию и Краину, взял Дюблянь и положил скорый конец господству Филиппа; последний должен был просить мира и удовлетвориться определенным ему на прожиток содержанием с местопребыванием в Кремже.