После этого городские власти Мальме связались с герцогом Кристианом и предложили ему корону, которую он, однако, отверг, не желая становиться королем по милости бюргеров. Тогда горожане Мальме сочли достойным кандидатом на престол Кристиана И, пребывавшего в заключении в замке Сённерборг после неудачной попытки в 1531 — 1532 гг. восстановить свою власть в Норвегии. Относительно этого было заключено соглашение с Любеком, который финансировал посылку в Данию войска ландскнехтов и таким образом в последний раз сыграл решающую роль в датской истории. Во главе наемников встал граф Кристофер Ольденбургский, дальний родственник датского королевского дома, в связи с чем последовавшая за этим гражданская война получила название «Графской распри». Кристофер высадился на побережье Зеландии, где к нему присоединились сначала силы нескольких провинциальных городов, а затем и Копенгаген. Со значительно меньшим восторгом присягало на верность графу дворянство Зеландии и Сконе.
События, происходившие на Зеландии и в Сконе, заставили ютландских и фюнских дворян в июле 1534 г. собраться в городе Рю. Под давлением рядового дворянства католические члены государственного совета вынуждены были обратиться к герцогу Кристиану с предложением принять королевскую корону, которое и было им принято. Шлезвиг и Гольштейн еще прежде присягнули ему на верность как законному преемнику отца. Однако, не успев оформиться, союз между герцогом и ютландско-фюнским дворянством подвергся жестоким испытаниям. На Фюне вспыхнуло восстание, которое поначалу было успешно подавлено войсками герцога и ютландской знати, однако вслед за тем с Зеландии на Фюн прибыл граф Кристофер и установил свой контроль над островом. Четырнадцатого сентября один из каперов Кристиана II, шкипер Клемент, высадился в Ольборге. К нему сразу же присоединились бюргеры, а в последующие недели подняли восстание также и крестьяне на севере Ютландии. Шестнадцатого октября у Свенструпа к югу от Ольборга войско дворян было разбито. Крестьянское восстание распространилось на центральную и западную части Ютландии. Запылали усадьбы помещиков и епископов. Лишь в Восточной Ютландии, в Раннерсе и южнее Могенсу Гойе, его соратникам и родственникам удалось сохранить контроль над ситуацией.
В результате происходившего герцог Кристиан вынужден был сконцентрировать все силы на южном фронте, чтобы обезопасить свой тыл. Восемнадцатого ноября 1534 г. он вынудил Любек дать обещание прекратить помощь силам повстанцев в Дании. Затем он послал свое войско под командованием голштинского дворянина Йохана Рантцау на север Ютландии, где 18 декабря оно штурмом взяло Ольборг. После этого вся Ютландия оказалась во власти герцога. В Сконе восстание было подавлено вступившим сюда шведским войском при поддержке местного дворянства, в очередной раз изменившего свою позицию. Фюн сдался войскам герцога в июне 1535 г., а в середине июля они высадились на побережье Зеландии. Зеландские крестьяне не оказывали им никакого сопротивления. Как ранее Ютландия и Фюн, так теперь и Зеландия присягнули на верность герцогу, провозглашенному отныне датским королем Кристианом III. Лишь после длительной осады пал Копенгаген, и к июлю 1536 г. власть Кристиана III была установлена на всей территории Дании.
В Норвегии Реформация еще не успела пустить глубокие корни, поэтому местный государственный совет проводил выжидательную политику. Когда победа Кристиана III стала очевидной, большинство членов норвежского совета готовы были признать его королем. Тем не менее в последний момент архиепископ Олав Энгельбректссон предпринял попытку избежать провозглашения правителем лютеранина. Заручившись поддержкой народа, в январе 1536 г. на одном из заседаний совета он арестовал всех его членов и заключил их в тюрьму, а одного из главных своих противников убил. Однако архиепископ и простой люд контролировали лишь северную часть территории Норвегии, а когда Кристиан III осенью 1536 г. прислал в Норвегию свое войско, архиепископ весной 1537 г. бежал из страны.
Арест епископов и Реформация
Кристиан III вступил в Копенгаген в роли победителя. Между тем бюргеры и крестьяне по всей стране подвергались гонениям со стороны королевского войска и страдали от чинимых над ними расправ. Ютландские крестьяне в качестве отступного, то есть выкупа за собственную жизнь, вынуждены были привести одного быка, хотя официально это и было запрещено. Хозяйства собственников в мятежных сотенных округах — херредах — конфисковывались в случае, если они не могли доказать свою непричастность к восстанию. На практике это означало прежде всего резкое повышение налога со двора в пользу короля. Все крестьяне обязывались также платить новые налоги на покрытие расходов казны, связанных с войной.