Другим важным секретарем был Якопо Антикварно, ученый и гуманист, приятель и покровитель гуманистов, близкий друг Альдуса Мануция, великого книгопечатника из Венеции. Он был правой рукой Людовико во всем, что касалось научных и церковных дел. Джованни да Беллинцона отвечал за юриспруденцию. Письмо-наставление, в котором Людовико рассказывает своим сыновьям о государственном управлении, свидетельствует о том, что у него было столь же ясное представление об отлаженной системе гражданского администрирования, как у великого Джан Галеаццо Висконти. Он обращает особое внимание на то, что необходимо тщательно отбирать государственных чиновников и лучше обходиться с ними, стимулируя их амбиции и регулярно продвигая их по службе.
Еще одной личностью, имевшей большое влияние при этом дворе, где все решения принимались с учетом астрологических предсказаний, был Амброджио да Розате. В торжественной речи, произнесенной по случаю взятия Новарры в 1500 году, Людовико признался в своем доверии к астрологии, заявив, что прежде он молился Богу, а затем обратился к звездам за руководством, дабы, избегая несчастий, идти к благу. Его офицеры могли приносить клятву верности только в благоприятный с астрологической точки зрения момент, in punto d'astrologia.
Верный традициям своего дома, Людовико всячески способствовал развитию наук, в чем ему помогали его секретари и многие дворяне. Нунция Герарди весьма впечатлило число образованных людей в Милане, с которыми он мог беседовать о научных предметах. Он писал Римскому Папе (12 февраля 1490 года), что эти государи покровительствуют искусствам и наукам, заботясь о том, чтобы юноши, прежде всецело отданные торговле и ремеслам, теперь изучали также греческий и латынь. Но при этом и обычные ремесла не остаются в небрежении, напротив, они расцветают с каждым днем. И он добавляет, что здесь поощряют также военные упражнения и верховую езду.
Университет Павии находился в плачевном состоянии. Не получая жалованья, многие преподаватели оставили чтение лекций, в то время как студенты вышли, казалось, даже за те рамки дозволенного, которые в эпоху Ренессанса были для них весьма широки. Людовико был так обеспокоен их поведением, что направил им из Виджевано резкое письмо (7 апреля 1488 года), начинавшееся следующими словами: «Каждый день нам сообщают о каком-либо непристойном деянии, совершенном вами, студентами, в этом городе. Даже недавно, в Святую Неделю, ваши поступки в отношении граждан и господ Павии были столь недостойны, что их нельзя признать терпимыми, и мы не намерены их терпеть. Мы полагаем, что университеты существуют для обучения. Обучаясь, человек познает науки, познавая науки, он приходит к пониманию своего предназначения к добропорядочной жизни, а став добродетельным и образованным, человек заслуживает почет и славу. Но мы не видим, чтобы ежедневное изучение вами человеческих и божественных законов приносило какие-либо добрые плоды». Далее Людовико пишет, что не намерен допускать столь явное проявление неблаговоспитанности и неуважения к его подданным, тем более в Святую Неделю. Если студенты и далее будут позволять себе столь наглые выходки, то он примерно их накажет. Впредь все подобные безобразия будут безжалостно караться.
Это письмо правящего государя — едва ли не единственный документ такого рода в пятнадцатом столетии. Оно показывает, насколько искренне Моро интересовался делами университета Павии и воспитанием хороших ученых.
Его величайшей заслугой перед университетом стало объединение разнообразных школ, прежде разбросанных в различных районах города, в одном здании — в Атенео. Оно было разделено на две части: одна предназначалась для факультета медицины, другая — юриспруденции и теологии. Эту реформу провели в 1489 году. Репутация университета быстро возрастала. В Павию устремились студенты из всей Европы. Самым знаменитым из профессоров был Джиасоне дел Майно, преподававший право в течение сорока восьми лет и получавший роскошное жалованье в 2250 флоринов. Среди слушателей его лекций был и Людовик XII, король Франции. Амброджио Варезе да Розате занимал кафедру астрологии. Он также преподавал на медицинском факультете вместе с Джованни Марлиани, на которого в те времена, когда еще не была разорвана связь медицины с астрологией и магией, смотрели как на чудо научной мысли. В лучшие годы правления Моро в университете Павии насчитывалось не менее девяноста профессоров и преподавателей. Многие из них принадлежали к знатнейшим фамилиям Милана, хотя в науке, как и в других сферах деятельности в эпоху Ренессанса, происхождение значило очень мало. Возможно, самым интересным и смелым назначением было избрание еврея Бенедетто Испано на должность профессора кафедры древнееврейского языка. Но в 1491 году его кафедра была упразднена, поскольку ему не удалось привлечь достаточное количество студентов. Когда финансовое положение герцога ухудшалось, профессорам, подобно художникам и другим служащим, приходилось долго ожидать выплаты своего жалованья.