Успешно начатые походы были неожиданно прерваны на 20 с лишним лет. Еще при жизни следующего египетского царя, болезненного и недолговечного Тутмосиса II, соправителем был провозглашен его юный сын от побочной жены — Тутмосис III. Но со смертью царя реальная власть оказалась в руках его вдовы Хатшепсут, которая вначале становится правительницей страны при малолетнем царе, а вскоре, вероятно при активной поддержке фиванского жречества, восходит на египетский престол сама в качестве царя — полноправного фараона. При Хатшепсут в течение 20 лет войско не проявляет почти никакой активности. Мирное правление женщины-фараона ознаменовано интенсивной строительной деятельностью, в которой явственно ощущается особое расположение к жречеству бога Амона, проявившееся в возведении многочисленных храмовых сооружений в честь главного бога страны в Фивах, на юге и на севере страны. С именем зодчего и временщика Хатшепсут — Сенмута связано строительство прекрасного архитектурного ансамбля её заупокойного храма в Дейр-эль-Бахри. Из внешнеполитических действий Хатшепсут широко известна лишь знаменитая экспедиция в страну Пунт, ярко отраженная на раскрашенных плоских рельефах ее гробницы.
Около 1500 г. до н. э., после смерти Хатшепсут, Тутмосис III, ранее даже не упоминавшийся официально, стал наконец единовластным царем Египта на 22-м году своего формального царствования. Яростно преследует он память своей мачехи, уничтожая ее статуи, стесывая ее имена со стен храмов, замуровывая в стены новых сооружений возведенные ею величественные 30-метровые обелиски. Не было пощады и людям из окружения покойной царицы — и ранее умершим, как Сенмут, гробница которого была разрушена, и еще живым. Политическая жизнь страны резко меняется. Внутри правящей верхушки страны стали преобладать сторонники нового царя, опиравшегося, как и его воинственные предшественники, прежде всего на войско и новую служилую знать. Кончился необычный для истории Нового царства краткий мирный период, началась эпоха великих завоевательных походов Тутмосиса III.
На стенах храма Амона-Ра в Фивах сохранились выдержки из летописи, составленной египетским писцом, участником походов Тутмосиса III. Кожаные свитки летописи давно погибли, но то, что сохранилось на камне, в сочетании с другими документами, дошедшими до нас, дает возможность следить за ходом военных действий, продолжавшихся без малого 20 лет.
Уже в год смерти Хатшепсут египетское войско, возглавляемое Тутмосисом III, из пограничной египетской крепости Чару (В клинописных источниках — «Цилу».) выступает в свой первый за долгое время поход. Через 10 дней оно достигает г. Газы в Южной Палестине, где царь торжественно празднует 23-ю годовщину своего формального восшествия на престол, и на следующий же день устремляется в глубь Передней Азии. Здесь ему пришлось встретиться уже не с разрозненным сопротивлением отдельных князей, как это было при прежних египетских царях, а с большой коалицией, возглавляемой царьком г. Кадеша на Оронте. Решив дать бой у стен г. Мегиддо, Тутмосис III из трех возможных путей к нему, вопреки мнению военного совета, выбирает кратчайший, но наиболее трудный — через горный перевал по узкой тропе над пропастью. «И пошел он сам впереди войска своего, указывая путь каждому человеку. И лошадь шла за лошадью, и его величество был во главе войска своего», — гласит летопись. При выходе из ущелья в долину Мегиддо на глазах у врага был разбит лагерь для ночлега, и на следующее утро сам царь на золотой колеснице возглавил сражение. Противник не мог долго сопротивляться сплоченному египетскому войску; бросив на поле битвы колесницы, оружие и шатры, войско, возглавляемое царьком Кадеша, бежало в город, причем многих беглецов втаскивали на стены города за одежду. Египтяне, однако, не сумели воспользоваться выгодным моментом и взять город с ходу, так как занялись грабежом брошенного противником лагеря у стен города и подсчетом своей добычи. Тем временем ворота города успели закрыть. Но овладеть Мегиддо было совершенно необходимо. «Все властители всех северных стран заперты в этом городе, — обращается царь к своему войску, — поэтому взятие Мегиддо подобно взятию тысячи городов». Началась длительная осада города — египтяне еще не умели брать крепости штурмом. Только через семь месяцев измученный голодом город сдался. Князьки пали ниц перед фараоном, умоляя его сохранить им жизнь. Пощаженные, но униженные «властители» были отправлены в свои города на ослах. Египтяне же вновь стали считать добычу. Скрупулезно перечисляет летописец военные трофеи, захваченные в Мегиддо и его окрестностях: «пленных 340, лошадей 2041, жеребят 191, жеребцов 6…» Здесь же сотни колесниц, в том числе отделанная золотом боевая колесница самого царька Кадеша, медные и кожаные панцири, деревянные подпорки княжеских шатров, коровы, быки, козы, тысячи овец и огромное количество зерна, «доставленного его величеству с пахотных земель Мегиддо».