Для того чтобы защитить себя от стихийных бедствий, жители Крита обращались за помощью к своим многочисленным богам. Центральной фигурой минойского пантеона была великая богиня — «владычица». В произведениях критского искусства (статуэтках и печатях) богиня предстает нам в различных своих воплощениях. Мы видим ее то грозной владычицей диких зверей, повелительницей гор и лесов со всеми их обитателями, то благосклонной покровительницей растительности, прежде всего хлебных злаков и плодовых деревьев, то зловещей царицей подземного мира, держащей в руках извивающихся змей. За этими образами угадываются черты древнего божества плодородия — великой матери людей и животных, почитание которой было широко распространено во всех странах Средиземноморья начиная по крайней мере с эпохи неолита. Рядом с великой богиней, воплощением женственности и материнства, символом вечного обновления природы, мы находим в минойском пантеоне и божество, воплощающее в себе разрушительные силы природы — грозную стихию землетрясения, мощь бушующего моря. Эти наводящие ужас явления воплощались в сознании минойцев в образе могучего и свирепого бога-быка. На некоторых минойских печатях божественный бык изображен в виде фантастического существа — человека с бычьей головой, что сразу же напоминает нам позднейший греческий миф о Минотавре. Чтобы умиротворить грозное божество и успокоить таким образом разгневанную стихию, ему приносились обильные жертвы, в том числе, по-видимому, и человеческие (отголосок этого варварского обряда сохранился в мифе о Минотавре).
Религия играла огромную роль в жизни минойского общества, накладывая свой отпечаток абсолютно на все сферы его духовной и практической деятельности. При раскопках кносского дворца было найдено огромное количество всякого рода культовой утвари, в том числе статуэтки великой богини, священные символы вроде бычьих рогов или двойного топора — лабриса, алтари и столы для жертвоприношений, разнообразные сосуды для возлияний и др. Многие помещения дворца использовались как святилища — для религиозных обрядов и церемоний. Среди них крипты — тайники, в которых устраивались жертвоприношения подземным богам, бассейны для ритуальных омовений, небольшие домашние часовни и т. п. Сама архитектура дворца, живопись» украшающая его стены, другие произведения искусства были насквозь пронизаны сложной религиозной символикой. Это был дворец-храм, где все обитатели, включая самого царя, его семью, окружающих их придворных «дам» и «кавалеров», выполняли различные жреческие обязанности, участвуя в обрядах, изображения которых мы видим на дворцовых фресках.
На Крите существовала, таким образом, особая форма царской власти, известная в науке под именем «теократии» (так называется одна из разновидностей монархии, при которой светская и духовная власть принадлежит одному и тому же лицу). Особа царя считалась «священной и неприкосновенной». Даже лицезрение его, по-видимому, было запрещено простым смертным. Так можно объяснить то странное на первый взгляд обстоятельство, что среди произведений минойского искусства нет ни одного» которое можно было бы с уверенностью признать изображением царской персоны. Вся жизнь царя и его домочадцев была строжайшим образом регламентирована и поднята на уровень религиозного ритуала. Цари Кносса не просто жили и правили — они священнодействовали. «Святая святых» кносского дворца, место, где царь-жрец снисходил до общения со своими подданными, приносил жертвы богам и в то же время решал государственные дела, — это его тронный зал, расположенный неподалеку от большого центрального двора. Прежде чем попасть в него, посетители проходили через вестибюль, в котором стояла большая порфировая чаша для ритуальных омовений: очевидно, для того чтобы предстать перед «царскими очами», нужно было предварительно смыть с себя все дурное. Сам тронный зал представляет собой небольшую прямоугольную комнату. Прямо против входа в нем стоит гипсовое кресло с высокой волнистой спинкой — царский трон. Вдоль стен идут облицованные алебастром скамьи, на которых восседали царские советники, высшие жрецы и сановники Кносса. Стены тронного зала расписаны красочными фресками. изображающими грифонов — фантастических чудовищ с птичьей головой на львином туловище. Грифоны возлежат в торжественных застывших позах по обе стороны от трона, как бы оберегая владыку Крита от бед.