Ожесточенная и непримиримая позиция фиванского жречества, возможно, станет более понятной, если учесть, что к тому времени уже, без сомнения, сложилась присущая всему Новому царству система взаимоотношений храмового хозяйства с царской администрацией. Для этой системы были характерны жесткий контроль центральной власти над всеми отраслями храмового хозяйства и значительные прямые отчисления зерна, собираемого с земель, числившихся за храмами, в пользу царской администрации для обеспечения возросшего государственного аппарата и воинов. По-видимому, такие отчисления взимались и с других отраслей храмового производства. Наконец, существовала практика отчисления зерна за пределы храмового хозяйства путем непосредственного обеспечения многочисленных воинов различных рангов, а также царских чиновников и других представителей нехрамовой администрации зерном, производимым храмовыми зеледельцами на храмовых землях.
Известно, какие богатства даровались египетскими фараонами XVIII династии многочисленным египетским храмам после каждого успешного иноземного похода, но оказывается, что сами храмовые хозяйства становились немаловажным источником поступления материальных средств в пользу фараона, что в большой степени и позволяло обеспечивать агрессивную внешнюю политику страны и способствовало укреплению позиций нового служилого социального слоя и его верхушки. Возможно, что со временем контроль над храмами и отчисления в пользу центральной власти возросли, что, естественно, не могло не вызвать недовольство и сопротивление со стороны жречества, и прежде всего наиболее сильного — фиванского жречества. Таким образом, отношения между противоборствующими сторонами ко времени восшествия на престол Аменхотепа IV накалились до предела; открытая борьба между ними стала неизбежной.
Вначале, однако, ход событий был несколько замедлен; нововведения, оказавшие вскоре огромное влияние на все сферы египетской жизни, нарастали постепенно. Введение нового общегосударственного культа бога Атона (Атон — традиционное в науке обозначение этого бога, но оно основано на созвучии с именем бога Амона. Условное египтологическое произношение имени должно быть «Итен», а древнее было, видимо, «Йати».), почитаемого в образе солнечного диска с отходящими от него лучами-руками, дарующими стране все блага жизни, ни в коей мере не означало упразднения древнего египетского многобожия, и первый храм, посвященный новому божеству, был возведен царем в Фивах, вблизи святилищ Амона-Ра.
Однако новый общеегипетский культ Атона, бога, который пользовался особым покровительством царя, провозгласившего себя единственным сыном нового божества, предполагал и огромные строительные работы по возведению его храмов, и дарения ему больших земельных массивов в разных частях Египта, многочисленных пастбищ, скота, охотничьих и рыбных угодий, и обеспечение вновь создаваемого храмового хозяйства рабочей силой, и, наконец, учреждение большого штата высокопоставленных и рядовых жрецов — служителей нового культа. Они, как это видно из памятников той поры, были в основном представителями новой служилой знати. На практике все это означало значительное перераспределение материальных и людских ресурсов в пользу нового божества и в ущерб жрецам старых традиционных египетских богов (и прежде всего Амона-Ра), основным противникам царя-реформатора и его сторонников.
По-видимому, на 6-м году царствования Аменхетепа IV борьба резко обостряется и вскоре достигает апогея. Царь вместе со своим двором покидает ненавистные и враждебные ему Фивы и в 300 км к северу от этого центра почитания Амона-Ра приказывает основать новую столицу — Ахет-Атон («Горизонт Атона», т.е. место, где восходит над миром солнечный диск; ныне городище Телль-Амарна). Несколько раньше, борясь теперь уже с самим именем бога Амона, входящим в состав его собственного личного имени (Аменхотеп значит «Амон доволен»), царь переименовывает себя в Эхнатона (Эхнатон также традиционное, но неправильное произношение имени. Условное египтологическое произношение — «Их-не-Итен».) («Полезный для Атона»). Новые личные имена получают члены его семьи, его сановники, если в состав их имен входило имя Амона или некоторых других старых египетских богов. Теперь имена божеств, противных Атону, безжалостно уничтожаются на всех памятниках.
Более десяти лет находился египетский двор во главе с Эхнатоном в повой столице, построенной в невероятно короткий срок и ставшей большим городом с величественными царскими дворцами, огромным храмом в честь Атона, обширными садами и особняками царских сановников, похвалявшихся в надписях, своих роскошных гробниц своим незнатным происхождением.