С этих пор Сулла стал относиться к Помпею весьма холодно. Он увидел неразумность его стремлений и понял, что он, имея в виду только ближайшее, действует необдуманно, без плана, руководствуется единственно честолюбием и расходится с партией оптиматов, на которую ему следовало бы опираться. Когда в 79 г. Сулла помогал Кв. Катулу добиться консульства, Помпей употребил все усилия, чтобы доставить эту должность его недостойному сопернику М. Эмилию Лепиду; его тщеславие было польщено тем, что он, простой всадник, еще не бывший квестором, может дать государству консула против воли могущественного Суллы. С помощью народа, любимцем которого он уже успел сделаться, он добился того, что Лепид назначен был консулом на первом месте, между тем как Катул, кандидат, выдвинутый Суллой, получил только второе место. Когда Сулла увидел его, гордо идущего по форуму домой в сопровождении толпы народа, он воскликнул, обращаясь к нему: «Я вижу, молодой человек, что ты радуешься своей победе. Прекрасно и достойно похвалы, что Лепид избран в консулы прежде Катула, негодяй прежде честного человека, чего ты добился у народа; но я посоветую тебе быть настороже, не спать, потому что ты дал меч в руки своему врагу».
Эти слова скоро исполнились. Лепид еще при жизни старался унизить Суллу перед народом, а после смерти его в 78 г. старался воспрепятствовать его погребению на Марсовом поле и предложил народу проекты законов, имевших целью уничтожить учреждения Суллы и господство знати над массой. При этом он рассчитывал на поддержку Помпея, бывшего до сих пор его союзником, тем более что Сулла не упомянул о нем в своем завещании и опекуном своего сына назначил не его, а Лукулла; но Помпей, в действиях которого не было никакой обдуманности и последовательности, обратился теперь в другую сторону и вместе с консулом Катулом стал во главе знати с целью противодействовать Лепиду и отстаивать законы Суллы. Лепид собрал в Этрурии войско против Рима, но был побежден Помпеем и Катулом и бежал в Сардинию, где вскоре и умер от сухотки. Союзник его М. Брут, отец убийцы Цезаря, укрепился в Мутине; Помпей предоставил ему возможность свободно удалиться туда; но на следующий день он был убит подосланным от Помпея убийцей. Сын Лепида, Корнелий Сципион Эмилиан, попал в плен и был казнен по приказанию Помпея.
После победы над Лепидом Катул потребовал, чтобы Помпей распустил свое войско; но тот под разными предлогами оставался с войском недалеко от Рима, ожидая, что ему будет поручено вести войну с Серторием в Испании. Серторий один из всех марианцев оставался еще непобежденным и причинял господствующей в Риме партии немало хлопот. Метелл Пий ничего не мог с ним сделать, и в Риме начали уже опасаться, как бы он не явился со своим победоносным войском в Италию и не начал здесь новую междоусобную войну. Сенат затруднялся относительно выбора полководца, который мог бы потягаться с Серторием; кроме Помпея, из всей партии никто не мог или не хотел идти на помощь Метеллу, не исключая и консулов, а Помпея не хотели снова сделать главнокомандующим, боясь диктатуры. Наконец, Л. Филипп с обычным прямодушием заявил в сенате, что нет другого средства, как послать в Испанию Помпея, но что он едва ли может и хочет действовать в другой должности, кроме должности проконсула. «Проконсула? – спросил один сенатор. – Частное лицо, всадник?» – «Да, – отвечал Филипп с горькой усмешкой, – ведь он пойдет не за одного, а за двух консулов». Предложение было принято.
В 76 г. Помпей отправился в Испанию с войском в 30 тыс. пехоты и 1 тыс. конницы, чтобы вместе с Метеллом вести войну против Сертория. Теперь он впервые имел своим противником способного полководца, и выше мы видели, какую плохую шутку сыграл Серторий с избалованным Помпеем. Серторий был побежден не Помпеем и Метеллом, а мятежом собственного войска; только тогда, когда он пал от кинжала убийцы и когда во главе войска стал неспособный Перперна, победа легко далась Помпею и Испания была снова подчинена римлянам (72 г.). Метелл после смерти Сертория успокоился и предоставил окончание войны Помпею. Когда Метелл ушел от него в Италию, Помпей начал превозноситься своими успехами и стал представлять себя единственным человеком, сумевшим умиротворить Испанию. На монетах, которые он приказал выбить своему легату М. Публицию, Испания подает ему пальмовую ветку, а надпись на трофеях, поставленных им в Пиренеях, на границе между Испанией и Галлией, близ Венериных ворот, гласила, что он покорил 876 городов от Альп до самых крайних пределов Испании. Каким он превозносил себя и считал великим, так думал о нем и римский народ, судивший только по внешности и считавший его непобедимым и незаменимым героем и нетерпеливо ждавший его возвращения, желая, чтобы он освободил Италию от опасного восстания рабов.