Часть своих войск Помпей оставил под начальством легата А. Афрания между Евфратом и Араксом, а сам вышел из области Артаксаты к северу и расположился на зимовку около реки Кир (теперь Кура), на юго-восточной границе Кавказа. Это обеспокоило соседние кавказские пароды. Албанцы под начальством князя Оройза совершили набег на римский зимний лагерь, но были храбро отбиты. Царь иберов, Арток, втайне приготовлялся напасть на Помпея весной, когда тот пойдет через его страну в Колхиду, на Митридата; но Помпей разбил его и проник в Колхиду, где находился его флот под начальством Сервилия. В это время Митридат со своим верным войском пробрался по восточному и северному берегу Черного моря, частью по суши, частью на кораблях, в основанное им Боспорское царство, где низложил своего сына Маха, перешедшего к римлянам, и принудил его к самоубийству. Идти вслед за царем через Кавказ для Помпея было слишком затруднительно и опасно; потому он оставил Митридата покуда в покое и, под предлогом восстания албанцев в тылу, вернулся к нижнему течению Киры. По дороге он покорил албанцев и заключил с ними, а также с иберами и другими кавказскими племенами договор, вследствие которого они стали в зависимые отношения к Риму.
Отступив затем в Понтийское царство, покорив и разрушив здесь последние крепости, оказывавшие ему сопротивление, Помпей летом 64 г. отправился в Сирию, которая находилась в безнадежном состоянии. Сирийское царство Селевкидов совершенно распалось; царствующий дом Селевкидов, вследствие постоянных споров из-за престола, утратил свое могущество и значение, и князья арабских племен вместе с мелкими разбойниками бесчинствовали теперь между Евфратом и Средиземным морем. Только иудеи, освободившиеся в 167 г., под предводительством семейства Маккавеев, или Хасмонеев, из-под власти сирийских царей, по-видимому, старались приобрести себе политическое могущество; но внутренние религиозные и политические несогласия между фарисеями и саддукеями, во время пребывания в Азии Лукулла и Помпея, привели к кровопролитным междоусобицам, которые истощали силы нации. Против царя Аристобула, к которому примкнули саддукеи, восстали фарисеи, желая доставить господство его добродушному, но слабому брату Гиркану. Помпей прибыв в эту страну, стал на сторону фарисеев и приказал, чтобы царская власть была отменена, чтобы снова была восстановлена древняя власть первосвященников; Гиркана он сделал первосвященником и правителем. Аристобул покорился, но его фанатические приверженцы удалились на скалу Иерусалимского храма и упорно держались там в продолжение трех месяцев. В одну из суббот храм был взят Помпеем, и те, которые избежали смерти от меча солдат, окончили свою жизнь под топорами ликторов. Страна сделалась зависимой от римлян и должна была платить дань. Помпей сильной рукой положил конец беспорядкам и разбоям во всей Сирии; дом Селевкидов, от которого оставалось еще трое бессильных претендентов на царство, объявлен лишенным престола и Сирия стала римской провинцией.
Когда Помпей, в 63 г., выступил в поход на Петру, главный город набатеев в Аравийской пустыне, неподалеку от Иерихона прискакали к нему вестники, которые, как было видно по лавровым веткам, обвитым вокруг их копий, принесли ему радостную весть. Помпей в это время упражнялся в верховой езде, объезжая свой лагерь, и хотел сначала кончить свои упражнения, а затем принять посольство; но солдаты, столпившись вокруг него, стали осаждать его криками и просьбами, так что он слез с лошади, приказал подать себе письма и отправился в лагерь. Так как из-за недостатка времени солдаты еще не успели построить ораторской трибуны (она делалась обыкновенно из слоев дерна), то они с нетерпеливым любопытством торопливо снесли в кучу седла вьючных животных и устроили из них возвышение, на которое поднялся полководец, чтобы сообщить им новость. В письме заключалось известие, что Митридат умер: из-за восстания своего сына Фарнака он сам лишил себя жизни; Боспорское царство досталось теперь Фарнаку, который в своем письме заявлял, что вступает на престол для себя и для римлян. Войско выслушало это известие с громким одобрением и на радости устроило жертвоприношение и попойки, как будто бы с одним Митридатом погибло много тысяч неприятелей. Фарнак отослал труп отца в Понт к Помпею, который приказал похоронить его в царских гробницах Синопа.
Митридат был опасен для римлян до конца своей жизни; со смертью его война в Азии закончилась. Помпей употребил оставшееся время на устройство восточных дел, пользуясь своим полномочием в Малой Азии.