На полях левктрских погибло на век могущество Спарты. В конце 370 года Эпаминонд и Пелопид проникли в Пелопоннес, подступили к самым воротам Спарты, восстановили Мессинию и соединили всех врагов Спарты к общему сопротивлению. Такие результаты возможны были только при условии, чтобы виотархи, предводители войска, остались в своем звании и по истечении годового срока, на который они были назначены полководцами. Эпаминонд один принял на себя ответственность за это нарушение закона, за которое определялась смертная казнь. Когда войско вернулось с победой, полководцы призваны были к суду партией, завидовавшей их славе. Эпаминонд признал виновным одного себя и объявил о готовности своей идти на смерть, но просил только одной милости, чтобы в приговоре суда сказано было, за какие заслуги он осужден на казнь. Судьи разделились во мнениях и не могли постановить приговора. Еще в том же году, летом 369 года, Эпаминонд, снова избранный в виотархи, вторгнулся во второй раз в Пелопоннес, проложив себе путь через Исем победой над неприятельским войском, в три раза его сильнейшим. Когда осенью он возвратился в Фивы, не совершив ничего важного в Пелопоннесе, враги опять взвели на него обвинение, будто при атаке исфмийских укреплений он намеренно пощадил неприятелей. Эпаминонд считал недостойным себя оправдываться против такого обвинения и, не сказав ни слова в свою защиту, вышел из народного собрания. Народ отрешил его от должности и враги его, чтоб досадить ему, происками своими сделали то, что ему дана была низкая должность тельмарха — смотрителя за очищением улиц и болот. Эпаминонд с самоотвержением подчинился возложенным на него трудам и исправлял свою должность с полной добросовестностью. Когда вскоре, летом 368 года, послано было войско в Фессалию, чтобы освободить Пелопида и Исмения из заключения, в котором держал их Александр Ферейский, Эпаминонд отправился туда как простой воин. Но войско, благодаря неспособности полководцев, приведено было в такое крайнее положение, что принуждено было поспешно обратиться назад; боялись даже, что оно погибнет на пути. Тогда воины передали Эпаминонду главное начальство, и он спас войско мудрыми своими распоряжениями и привел его в Фивы без больших потерь. Вслед за тем отправили его в Фессалию во главе нового отряда и он освободил обоих друзей своих.
Получив снова прежнее почетное положение в Фивах. Эпаминонд предпринял в 367 году третий поход в Пелопоннес, чтобы принудить спартанцев и союзников их к принятию условий мира, к которым Пелопид склонил персидского царя. Он заставил Ахаию присоединиться к фиванскому союзу, но фиванцы, недовольные его кроткими, примирительными мерами, отменили их и испортили все начинания Эпаминонда. В это время афиняне находились в союзе со Спартой и в открытой вражде с Фивами. Чтобы лишить их господства на море, которое они снова приобрели в последние годы, Эпаминонд выхлопотал у народа разрешение построить сто судов и корабельную верфь. Когда флот был снаряжен, Эпаминонд новел его на парусах, отбросил афинский флот, который хотел воспрепятствовать выходу его в море, и принудил значительнейшие приморские города — Родос, Хиос и Византию — отложиться от Афин (363). Таков был важный результат его деятельности в короткое время; следствием этого была поздняя так называемая союзная война, в которой Афины снова утратили свое морское владычество.