Еще при жизни первого настоятеля храма Дайтокудзи, Мьёсё, в момент отречения императора Ханадзоно, был основан храм Мьёсиндзи (1335
г.). В качестве монастырских построек служили строения резиденции императора в Киото. Мастер Дайте предложил назначить настоятелем своего любимого ученика Кандзану. После достижения первого сатори последний удалился в уединенную обитель в провинции Дзифу, где занялся дальнейшей практикой. Несмотря на его протесты, он был вынужден принять императорское приглашение. Прибыв в столицу, он установил в храме Мьёсиндзи строгую дисциплину, которая царит там и поныне. Несмотря на размеры храмовых строений, они не отличались роскошью и архитектурными излишествами. Вокруг не было ни садов, ни произведений искусства. В храмовом приделе похоронен основатель одной из самых значимых школ японской философии Нисидо Китаро.После одинокой смерти низверженного императора Го-Дайго в Йосино победоносный сёгун Асикага Така-удзи воздвиг храм Тэнрюдзи на восточной окраине Киото (1339
г.) в память о покойном и во искупление собственных грехов. Он доверил главенство над храмом самому известному буддийскому монаху того времени — Сосэки (Мусе Кокуси, 1275–1351), который был доверенным лицом покойного императора. Неоспоримые личные достоинства и богатый опыт делали его лучшей кандидатурой для столь высокой и ответственной должности. Будучи уроженцем Исэ, Сосэки стал монахом в возрасте девяти лет. Изучив сутры и тантрические ритуалы, он обладал всем объемом религиозного знания того времени. Он получил печать Просветления от наставника Кэнниси (Буккоку Кокуси, умер в 1314 году), сына императора Го-сага, который еще в юности отказался от мирской жизни и встал на путь просветления. За долгие годы скитаний Сосэки, движимый религиозным рвением, любовью к природе и уединению в горах, посетил множество великих храмов и святилищ. Какое-то время (1334–1336) он возглавлял храм Нандзэндзи.После назначения на должность настоятеля храма Тэнрюдзи Сосэки становится центральной фигурой буддийского движения в столице. В соавторстве с Гэньё (1269–1352), Сюсином (1321–1388)
и своим высокоодаренным учеником Дзэккаем (умер в 1405 году) он составил «Сборник писаний Пяти гор», посвященный исследованиям китайского классического наследия периода Сун и неоконфуцианской философии Чжу Си. Ранее мы уже упоминали о том, какое влияние на китайский буддизм оказали неоконфуцианство и дзэн. Японские монахи более склонялись к метафизике неоконфуцианства, идеи которого они интерпретировали в натуралистическом духе. Благодаря их усилиям китайская философия укоренилась и в Японии.В Китае восхищение наставником Мусе
(Сосэки) не ограничилось сферами искусства и науки. По его совету сёгун снарядил корабль под командованием монаха Са-кугэна для закупки в Китае драгоценностей и потребительских товаров (1342 г.). Это положило начало торговым отношениям, которые благодаря усилиям усердных монахов со временем весьма расширились. В японской истории этот эпизод упомянут в связи с «Тэнрюдзи-бунэ» («кораблем из Тэнрюдзи»).Имя Мусе
ассоциировалось с возведением новых храмов и многими художественными произведениями того времени. По его настоянию сёгун обнародовал указ от 1338 года, что привело к построению дзэнских храмов в шестидесяти шести местах — «храмов для умиротворения страны» (анкокудзи). Фактически это стало продолжением древней традиции провинциальных храмов (кокубун-дзи), благодаря которой в эпоху Нара буддизм распространился по всей Японии и обрел популярность среди населения. В то время как наставник Мусе и многие его последователи обладали политическим влиянием и нередко занимали высокое положение при дворе сегуна, провинциальные монастыри привлекали представителей всех сословий.Японский дзэн достиг высокой степени развития во время долгого правления третьего сегуна Асикага Йоси-мицу (1367–1395).
По его приказу в 1383 году был возведен монастырь Сёкокудзи, в качестве филиала Тэн-рюдзи. Первым настоятелем этой обители стал Мьёха — племянник и любимый ученик Мусе, также известный как наставник Фумиё (умер в 1388 году). Согласно новому дзэнскому уложению этот храм был включен в список «Пяти гор» Киото. В 1386 году сёгун официально установил иерархию дзэнских храмов. Превыше двух групп киотских и камакурских монастырей стоит главный храм страны — Нандзэндзи. К концу XIV столетия строительство новых храмов прекратилось, как и остановилось распространение самого дзэнского движения. Провинциальные обители стали получать указания и духовные наставления непосредственно из Киото и Ка-макуры.