Встреча христианства и дзэн была омрачена двумя обстоятельствами. Во-первых, к концу периода Мурома-чи дзэнское движение находилось в состоянии застоя, который обусловливался не столько религиозными причинами, сколько политическими и социальными потрясениями, которые, в свою очередь, определили падение монастырской дисциплины и нравов. Общая картина представлялась весьма мрачной, что предопределило предвзятое отношение к учению в целом. Последователи дзэн предстали в глазах миссионеров как атеисты и нигилисты. Кроме того, христиане были шокированы гомосексуализмом, процветавшим в монастырях.
Во-вторых, период беспрепятственного распространения учения Христа был весьма непродолжительным, что не позволило христианству прижиться на японской земле. В целом наши знания об этом историческом отрезке весьма скудны. Основными источниками сведений служат письма и отчеты миссионеров. С
другой стороны, мы практически не можем судить о том, как восприняли новую религию сами японцы. Жестокое преследование христиан похоронило надежду найти адекватные японские источники, свидетельствующие о реакции народа на попытки популяризации христианства, которое в период Токугава стало рассматриваться как внешняя политическая угроза. Представляется маловероятным, что первое знакомство с западным мировоззрением и культурой было обусловлено стремлением адептов дзэн к внутреннему обновлению.5 ноября 1549 года Франсис Хавьер в своем первом обстоятельном послании к собратьям сообщает:
Нинсицу, настоятель дзэнского храма Фукусайдзи, основанного близ Кагосимы в 1394 году, был одним из наиболее уважаемых людей в своей секте. Его близкая дружба с первым христианским миссионером свидетельствует о его искренности и человечности. После его смерти ученики настоятеля унаследовали многие из присущих ему качеств. Два друга нередко прогуливались по монастырским покоям среди монахов, восседавших в медитации. Пораженный сосредоточенностью, умиротворенностью и смирением монахов, Хавьер спросил настоятеля: «Чем занимаются эти люди?» И тот со смехом ответил: «Одни из них подсчитывают доход, полученный от последователей; другие думают о том, как получить новую одежду; есть и такие, кто мечтает об отпуске и приятном времяпрепровождении. В действительности никто не думает о чем-то важном».
В другом случае Хавьер спрашивает: