В это время стали появляться учреждения для управления разнообразными хозяйственными, финансовыми, оборонными делами в масштабах всей страны – приказы. Там управляли бояре, у которых были большие судебно-административные полномочия. У них было право собирать «корм» с местного населения, что в действительности означало просто поборы. Все это ослабляло центральную власть.
Особое место во внутренней политике страны во время правления Ивана III занимали отношения государства и церкви. Еще со времен монголо-татарского ига церковь имела привилегированное положение: она была освобождена от всех налогов и разорения. Таким образом, в XV в. церковь владела более, чем третьей частью запасов страны, была главным ростовщиком и основным хозяйствующим субъектом в России. Она обладала большими земельными наделами вместе с крестьянами, своим войском, правами, которыми пользовалась светская власть. Церковь имела право решать судебные дела по гражданским вопросам в пределах своих владений. Чтобы укрепить государственную власть, Иван III попытался контролировать хозяйственную деятельность церкви и сократить ее земельные владения. Но могущество церкви было огромно, поэтому только внук Ивана III – Иван IV – смог разрушить ее экономический монополизм.
В XVI в. феодальное землевладение продолжало развиваться и укрепляться. Крупные феодалы были заинтересованы в сильной государственной власти, так как великий князь поддерживал феодальный иммунитет. Но, с другой стороны, главы государства, стремясь к самодержавию, сокращали права и привилегии феодалов-вотчинников. Центральная власть нашла поддержку у служилых дворян.
Мать Ивана IV Грозного Елена Глинская ограничила налоговые и судебные привилегии духовенства, начала контролировать рост монастырских владений, сократила права бояр-кормленщиков, имевших огромную власть в своих владениях. При Елене Глинской началась реформа управления, закончившаяся при Иване Грозном. Одновременно создаются административные «губные» учреждения. Они занимались судебными делами по самым тяжким разбойным преступлениям против правительства и феодалов. В Москве этими учреждениями руководил Разбойный приказ.
Иван IV в своей деятельности старался ослабить консервативную боярскую оппозицию, пользуясь служилым дворянством и другими слоями населения. В 1549 г. в Земский собор вошли представители не только земельной аристократии, духовенства, бояр, но и купечества и богатых горожан. Это означало, что в России установилась сословно-представительская монархия.
Иван IV провел военную реформу, установившую службу дворян с 15 лет за земельное и денежное вознаграждение. Они составляли как бы царскую гвардию и служили офицерскими кадрами для дворянского ополчения. Такую же государственную службу должны были нести и вотчинники. После неудач в Ливонской войне на смену боярскому ополчению пришло стрелецкое войско, которое набиралось из свободных людей добровольно.
В середине 1550-х гг. окончательно была отменена система кормлений. Это укрепило центральную власть до самого низа. Теперь власть на местах была в руках выборных земских старост из зажиточных крестьян и городских купцов. Земские старосты подчинялись губным старостам.
В 1551 г. созывается Стоглавый церковный собор. Теперь власть могла строже контролировать деятельность церкви, которая теперь могла приобретать и продавать земли только с разрешения государства.
В 1565 г. Иван Грозный перешел к особым условиям управления страной: он ввел опричнину, чем лишил бояр и Боярскую думу множества прав. В 1572 г. царь отменил опричнину, но в результате он установил крепкую самодержавную власть, хотя последствия опричнины были очень тяжелыми и долгое время отрицательно сказывались на экономике.
Борис Годунов управлял страной в том же направлении, что и Иван Грозный: он укреплял центральную власть, присоединял к России новые земли, видел свою опору в дворянах и укреплял их влияние. Избранный царь поощрял частных предпринимателей и купечество. При нем широко развивалось книгопечатание. Также Борис Годунов испытывал большой интерес к западной цивилизации, приглашал в Россию немецких купцов, врачей, воинов. Впервые в истории страны несколько молодых дворян было отправлено учиться за границу. Правление Бориса Годунова оказалось трудным для России. В 1601 – 1603 гг. в России были необычайные морозы, в результате чего начался страшный голод. Только в Москве погибло 120 000 человек. Царь приказал открыть государственные хлебные запасы, но и это не помогло. В стране начался хаос.