В представлении масс почти на равной ноге с экзилархом, а в глазах последующих поколений даже выше его, были главы двух больших школ или академий в Суре и Пумбедите, в которых продолжались ученые традиции предыдущей эпохи. Главы этих академий были известны под именем гаонов (в единственном числе гаон - гений, гордость), и весь период обычно называется "Эпохой гаонов". В своих академиях они продолжали развивать традиции таннаим, амораим и савораим (см. выше) - прежних толкователей устного Закона. Иудаизм уже не был ограничен территорией Месопотамии и соседних стран. Евреи разбрелись по всему свету и не имели личного контакта с крупными еврейскими центрами на востоке. Но где бы они не были, всюду они нуждались в руководстве в делах, связанных с еврейским законом и религией; для них поэтому было естественно обращаться с вопросами (которые зачастую сопровождались пожертвованиями) к мудрецам месопотамских академий. Значительная часть деятельности гаонов заключало... я переписке, адресованной чуть ли не во все концы тогдашнего мира - от Испании и Германии до Северной Африки и Египта. Эти ответы гаонов касались любого вопроса, которым интересовался иудаизм: толкование Библии, разъяснение Талмуда, религиозные вопросы, брачные правила, деловые взаимоотношения. Самая ранняя еврейская литургия и первая история еврейской литературы были составлены гаонами в ответ на вопросы любознательных евреев из стран Запада.
Самая серьезная проблема, с которой столкнулись гаоны, заключалась в караимском расколе. В еврейском народе всегда имелись две тенденции; одна из них рассматривала иудаизм как живую традицию, постоянно растущую и изменяющуюся, но по сути остающуюся той же самой, представленную раввинами и учителями. Другая считала иудаизм застывшим и неизменным, нашедшим свое отражение в особом своде законов.
Караимы придерживались второй концепции. В соответствии с традицией, которая сохранилась у противников нового течения и которую поэтому нельзя безоговорочно принимать на веру, поводом для раскола явился спор за пост экзиларха в 767 году. Потерпевший поражение от своего младшего брата Анан бен Давид нашел утешение в том, что создал параллельный орган под своим руководством. Он решительно отверг авторитет раввинов, в результате оппозиции которых он не достиг желанного поста. Анан бен Давид заклеймил Талмуд как обман, а тех, кто придерживался его, как глупцов. Он отказался признать роль традиции и толковании еврейских законов и обрядов. Он признавал авторитет одной лишь Библии (Микра), и его последователи стали называться "Бне Микра" или "Караим"; их противники получили имя раввинитов. Руководимая Ананом новая вера, главным моментом которой являлась буквальная интерпретация Писания, была в значительной степени сухой и лишенной вдохновения. Запрещалось потреблять в пищу почти любое мясо, в субботу нельзя было зажигать огонь; обращение к врачу в случае болезни считалось отсутствием благочестия; были введены сотни других невозможных ограничений, которые оправдывались ссылкой на Писание.
Однако учителя следующего поколения, особенно Беньяиин из Нехавенда (ок. 830 г.) и Даниэль аль-Кумиси (ок. 900 г.), проявили большую человечность и проницательность в своем понимании Священного Писания, частично позаимствовав методологию и идеи даже у ненавистных раввинитов.
Новое толкование иудаизма добилось быстрого успеха. Многие симпатизировали ему; оно приобрело десятки тысяч приверженцев среди менее образованных евреев, для которых аргументы раввинов казались слишком сложны и которые постоянно обращались за советом к Библии.
Караимское движение распространилось из Месопотамии на соседние территории. Оно появилось и в Палестине; основало многочисленную колонию в Египте; оно имело приверженцев даже в далекой Испании. Одно время казалось, что новое течение берет верх и что раввинский иудаизм нисходит до положения маловажной секты. Тем, что этого не произошло, история обязана главным образом стараниям одного человека.
3. Величайший из гаонов Саадья бен Иосеф (882-942 гг.) был уроженцем Египта, которого пригласили в Месопотамию возглавить приходившую в упадок академию в Суре. Саадья понимал, что караимов нужно было бить их собственным оружием. Пока что академии довольствовались толкованием Талмуда и еврейских законов, не обращая внимания на новые течения и мировоззрения. Караимы обращались к разуму; нужно было последовать их примеру и разбить их теми же аргументами. Они противопоставляли Библию Талмуду, раввинам следовало вновь возвратиться к Библии и показать, что еврейская традиция исходит из нее.