По окончании диспута сектантов призвали немедленными действиями доказать свою приверженность христианству. Началось обращение франкистов. Церемония крещения прошла с большой торжественностью в церквях Лемберга, спонсорами выступили представители польского дворянства. Неофиты принимали фамилии и титулы своих крестных отцов и таким образом получали доступ в ряды польского дворянства. В одном только Лемберге 514 мужчин и женщин, в том числе Лейб Крыса, Соломон Шорр и другие сотрудники Франка, были обращены в христианство в течение 1759 и 1760 годов. и окружен большим телохранителем. Здесь он подвергся предварительному крещению, желая завершить церемонию с большей торжественностью в Варшаве. Прибыв в польскую столицу, Франк подал прошение королю Августу III. выступать в роли его крестного отца. Король дал согласие, и обращение сектантского вождя в католицизм произошло в ноябре 1759 года с необыкновенной пышностью в присутствии королевской семьи и придворных сановников. При крещении Якоб Франк принял имя Иосиф.
Однако отношение польского духовенства к новообращенным сектантам оставалось столь же скептическим, как и прежде. Темное прошлое Франка, его странный образ жизни, почитание, оказываемое ему его последователями, называвшими его «святым господом», — все это не могло не вызвать подозрений у церковных властей. Неосмотрительность некоторых франкистов, а может быть, тайный донос укрепили подозрения духовенства. Они узнали, что обращение сектантов было актом лицемерия, что Франк продолжал изображать среди них Мессию и «Святого Господа» и что исповедуемая ими Троица имеет очень мало общего с соответствующим христианским догматом. Они решили расследовать дело и, в случае, если их подозрения подтвердятся, предъявить лидерам секты обвинение перед церковными судами.
В январе 1760 года Франк был арестован в Варшаве по приказу высших церковных властей и подвергнут обыску перекрестному допросу. При всей своей проницательности глава франкистов не смог убедить судей в своем христианском православии. Многие показания, сделанные его учениками или им самим, только усилили дело против него. Церковный суд, предварительно выяснив отношение Рима через папского нунция, приговорил Франка к заточению в цитадели Ченстохова и к заключению в местном монастыре, дабы исключить всякую связь с его последователями.
Тринадцать лет (1760-1772) Франк оставался в цитадели, но католическое духовенство не справилось со своей задачей. Франкисты продолжали свои отношения со «Святым Господом», который как страдающий Мессия теперь был окружен в их глазах новым ореолом. Им удалось проникнуть даже в самый Ченстохов и в большом количестве поселиться на окраинах города, которые, по старым мессианским представлениям, они обозначали как «ворота Рима». Они видели в судьбе Франка повторение судьбы Саббатая Цви, который также содержался в плену в замке Абидос, недалеко от столицы Турции. Они были вдохновлены мистическими речами и посланиями Франка, суть которых заключалась в том, что их единственное спасение заключалось в «святой религии Эдома» — термине, под которым он понимал странную смесь христианских и саббатианских идей. Новая религия была лишена какого-либо истинно религиозного или морального элемента, и то же самое относится и к жизни Франка, который цинично выражался своим последователям: «Я пришел избавить мир от всех законов и статутов, существовавших до сих пор». до сих пор». В поведении «Святого Господа», основанном на мистификации и стремлении приспособиться к окружающей среде, не было ничего апостольского.
Первый раздел Польши положил конец заточению Франка в монастыре. Он был освобожден командующим русскими войсками, занявшими Ченстохов в конце 1772 года. После непродолжительного пребывания в Варшаве, где ему удалось восстановить непосредственные отношения с сектантами, Франк в сопровождении своей семьи и большой свиты, покинул пределы Польши и поселился в Брюнне, в Моравии (1773).
Дальнейшие подвиги этого авантюриста совершались на новом поприще, в Западной Европе. В католической Австрии Франк взял на себя роль христианского миссионера среди евреев и даже сумел добиться благосклонности двора в Вене. Однако вскоре стало известно о его прошлом, и ему пришлось покинуть Австрию. Франк поселился в Германии, в Оффенбахе, недалеко от Франкфурта-на-Майне, где присвоил себе титул «барон Оффенбахский». На новом месте жительства Франк с помощью своей дочери Евы, или «Святой Дамы», встал во главе тайного кружка сектантов и, поддерживаемый своими польскими и моравскими сторонниками, вел жизнь в довольстве и роскоши.