В то же время ходили слухи о том, что в разных местах Польши, в частности в Краковском воеводстве, многие христиане принимали иудаизм и после обрезания бежали для большей безопасности в Литву, где их приютили местные евреи. Когда слух дошел до короля, он отправил в Литву двух уполномоченных для строгого расследования. Офицеры короля действовали с чрезмерным рвением; они совершали набеги на еврейские дома и останавливали путешественников на дороге, производя аресты и устраивая перекрестные допросы. Расследование не выявило присутствия жидовствующих сектантов в Литве, хотя и причиняло евреям большие неприятности и тревогу (1539 г.).
Едва это расследование было закрыто, литовским евреям предъявили еще одно обвинение. Говорят, что многие из них собирались покинуть страну и, действуя с ведома и при содействии султана, намеревались эмигрировать в Турцию в сопровождении христиан, обращенных в иудаизм. Ходили даже слухи, что евреям уже удалось переправить через молдавскую границу партию обрезанных христианских детей и взрослых. Король отдал приказ о новом расследовании, отмеченном, как и предыдущее, актами беззакония и насилия. Евреи боялись, что король может прислушаться к этим обвинениям и лишить их своей защиты. Поэтому евреи Бреста, Гродно и других литовских городов поспешили послать к королю Сигизмунду делегацию, которая торжественно уверяла его, что все слухи и обвинения о них — клевета, что литовские евреи верно преданы своей стране, что они не собирались эмигрировать в Турцию и, наконец, никогда не пытались обратить христиан в свою веру. В то же время они жаловались на нанесенные им оскорбления и жестокости, указывая на пагубное влияние следствия на торговлю страны. Утверждения депутации были подтверждены официальным расследованием, и Сигизмунд, возвращая свою благосклонность евреям, снял с них все подозрения и пообещал впредь не беспокоить их массовыми обвинениями, не подтвержденными доказательствами. Это обязательство было воплощено в особой грамоте, своего рода habeas corpus, дарованной королем литовским евреям в 1540 году.
Все это, однако, не обескуражило католическое духовенство, которое под руководством епископа Гамрата продолжало свою агитацию против ненавистных евреев. Они настраивали против себя общественное мнение с помощью клеветнических книг, написанных в средневековом стиле. Церковный Синод 1542 года, собравшийся в Петркове, издал следующую «конституцию»:
Синод, принимая во внимание многие опасности, которые стоят перед христианами и Церковью от большого числа евреев, изгнанных из соседних стран, допущенных в Польшу и бессовестно сочетающих святость с нечестием, постановил следующее постановление.: Чтобы большая концентрация евреев в стране не привела, как это следует опасаться, к еще худшим последствиям, его величеству королю следует ходатайствовать о следующем: 1. Что в Гнесенской епархии и особенно в городе Кракове число евреев должно быть сокращено до установленной нормы, какой может вместить отведенный для них район. 2. Чтобы во всех других местах, где евреи не проживали в прежние времена, им было отказано в праве поселения и запрещено покупать дома у христиан, которые уже куплены для возврата их прежним владельцам. 3. Приказать снести новые синагоги, даже построенные ими в городе Кракове. 4. В то время как Церковь терпит евреев с единственной целью напомнить нам о пытках нашего Спасителя, их число ни при каких обстоятельствах не должно увеличиваться. Более того, по уставу святых канонов им разрешается только ремонтировать свои старые синагоги, но не возводить новые.