Афиняне прилагают все усилия, чтобы восстановить морскую державу. Огромную популярность приобретает Алкивиад, энергии и таланту которого Афины обязаны своими успехами. Между тем спартанцы восстановили свой флот (он насчитывал 140 триер), и война ведется теперь на море с переменным успехом. После поражения в гавани Митилены (на Лесбосе) Афины, напрягая последние силы, построили новый флот в 110 триер, на которые были вынуждены посадить получивших свободу рабов и одержали блестящую победу при Аргинусских островах (также около Лесбоса), где спартанцы потеряли половину судов. Но обстановка в Афинах была неспокойной, силы демократов подорваны, среди демоса росло чувство неуверенности и нервозность. Решительное поражение Афинам наносит спартанский военный и политический деятель Лисандр (как и Алкивиад, столь же талантливый, сколь и беспринципный). Воссоздав флот, укрепив отношения с Персией, сделав твердую ставку на олигархов, он повсюду приводит их к власти, организует и вооружает, подкрепляет спартанскими гарнизонами. Зона афинского влияния резко сокращается, а финансовые трудности растут. Наконец, выбрав удобный момент, Лисандр в 405 г. обрушивается на противника в самом уязвимом для него месте — в Пропонтиде (в устье р. Эгоспотамы) и уничтожает эскадру. Путь снабжения Афин продовольствием перерезан, сил для восстановления флота уже нет. Корабли Лисандра медленно движутся к Афинам, громя демократические режима и заменяя их олигархическими. Осада Афин длилась несколько месяцев с суши и моря, пока город, поставленный на край гибели, страдая от голода, не сдался. Афины были лишены всех заморских владений и остатков флота (за исключением 12 кораблей); Афинский морской союз был распущен; сам полис включен в состав Пелопоннесского союза; демократический строй был заменен олигархией.
Так победой Спарты завершилась длившаяся около 30 лет Пелопоннесская война. Вызванная соперничеством двух государств, Афин и Спарты, эта война превратилась, по существу, в грандиозное (по масштабам Греции) противоборство двух систем — Афинского морского союза, который объединял прибрежные и островные полисы (около 200 городов), и аграрного по своей сути Пелопоннесского союза. Помимо чисто политических причин, к возникновению этого соперничества побуждали и причины экономические, прежде всего стремление Афин (да и некоторых ее союзников) к расширению сферы влияния (их особенно интересовали зерно и источники сырья).
Чем объяснить поражение Афин? Этому было несколько причин. Прежде всего непрочность Афинского морского союза, который все более сохранялся силой оружия, и как только это оружие ослабело, он распался. В своей стратегии борьбы с аграрной Спартой афинские руководители делали ставку на флот, по существу отдав страну на разорение, но этот план оказался губительным для них, когда Афины стали терять преимущество на море. Несомненно, способствовала поражению Афин и финансовая помощь Персии, которая дала Спарте возможность воевать, и весьма успешно, там, где первоначально афинское преимущество было неоспоримо, — на море.