Руководство КПФ, действуя самостоятельно, с 10 декабря 1941 г. приступило к созданию подпольных групп и центров Сопротивления. В январе 1942 г. на территории Центрального Лусона начали действовать первые партизанские отряды, руководимые коммунистами. В Маниле тогда же была создана антияпонская организация «Свободные Филиппины», в руководство которой вошли представители левой интеллигенции, среди которых были и коммунисты.
В конце января 1942 г. японские власти арестовали руководителей КПФ, в их числе Эванхелисту и Абада Сантоса. После неудачных попыток японцев склонить их к сотрудничеству Эванхелиста был убит в тюрьме, а тяжело больной Сантос оставался в заключении до 1943 г. и умер незадолго до освобождения страны.
Несмотря на то что компартия лишилась своих выдающихся лидеров, она продолжала героическую борьбу. Новое руководство во главе с генеральным секретарем Висенте Лавой твердо взяло курс на создание единого антияпонского фронта. В феврале 1942 г. в городке Бавит (пров. Нуэва-Эсиха) да конференции КПФ и руководимых коммунистами рабочих и крестьянских организаций был создан Национальный единый антияпонский фронт. В целях сплочения широких национальных сил коммунисты отказались временно в условиях оккупации от борьбы за чисто классовые интересы, объявив о роспуске Лиги тружеников и Национальной конфедерации крестьян. Главным лозунгом было: «Борьба против японцев — превыше всего». Программа Национального фронта включала сотрудничество с союзными нациями, достижение полной независимости, создание демократического правительства, обеспечение прожиточного минимума для всех филиппинцев, призывала к беспощадной борьбе с предателями и коллаборационистами. Платформа фронта, руководимого КПФ, привлекла часть левых профсоюзов, крестьянских, женских, молодежных организаций, представителей антипаянской церкви и местного китайского населения.
29 марта 1942 г. на конференции, собранной Временным национальным советом единого фронта (в пров. Пампанга, у Монте Арайат), все созданные КПФ к этому времени партизанские отряды были объединены в Народную антияпонскую армию (Хукбалахап). В нее вошли также крестьянские отряды самообороны, создававшиеся в деревнях. Во главе Хукбалахап встали видные деятели КПФ, руководившие до войны крестьянским движением: главнокомандующим был назначен Луис Тарук, его заместителем — Касто Алехандрино.
Руководство компартии во главе с В. Лавой добилось высокой боеспособности и идейно-политического единства бойцов Хукбалахап, основную массу которых составляли крестьяне. Благодаря гибкой и умелой тактике КПФ были преодолены анархистские тенденции, установлена строжайшая дисциплина, которой подчинялись и рядовые бойцы, и командиры, проводилась тщательная работа по подготовке командирских кадров.
Особое внимание уделялось политической и идейно-воспитательной работе среди хуков (так назывались бойцы Народной армии).
С мая 1942 г. отряды Хукбалахап начали военные операции в провинциях Центрального Лусона. Штаб армии находился в горном районе Пампанги (у Сан-Луиса). К концу лета 1942 г. в составе Хукбалахап действовало 35 рот, размещенных по пяти территориальным военным округам (все на Центральном Лусоне). Несмотря на сложные условия оккупации и нехватку оружия, Народная армия действовала активно и организованно и сумела не только отразить крупные карательные экспедиции японцев в сентябре 1942 г., но и уничтожить более тысячи карателей. К концу 1942 г. в провинциях Центрального Лусона партизаны-хуки освободили ряд территорий. Здесь стали возникать крестьянские комитеты обороны, представлявшие собой демократические органы самоуправления, которые служили главной опорой Хукбалахап и основными каналами связи между армией и населением. Популярность Хукбалахап на Лусоне была очень большой, Народная армия пользовалась симпатиями и поддержкой местного населения.
В годы японской оккупации Коммунистическая партия Филиппин продолжала следовать установкам Коминтерна, проводя курс на сплочение всех патриотических, антифашистских сил в единый национальный фронт. Однако реализовать этот курс она так и не смогла. В условиях режима военной диктатуры, при отсутствии возможностей для тесных контактов между трудящимися города и деревни, рабочий класс и его авангард — коммунисты не могли полностью выполнить задачу по объединению усилий всего филиппинского народа в борьбе против японских захватчиков. Деятельность руководимой КПФ Народной армии ограничивалась Центральным Лусоном.